The article presents data on polymorphism and the molecular marking of characteristics defining adaptability to various abiotic stresses.riceabiotic stressessalinityhigh temperaturemineral nutritionefficient use of nitrogenmolecular markingbreedingpolymorphismрисабиотические стрессызасолениевысокие температурыминеральное питаниеэффективность использование азотаполиморфизммолекулярное маркированиеселекция1.2.Агарков В. Д., Касьянов А. И. (2002) К обоснованию высоких и низких урожаев риса. Рисоводство. № 1: С. 25-30.3.Гончарова Ю. К., Иванов А. Н. (2006) О взаимосвязи между эффективностью работы фотосинтетического аппарата, адаптивностью и стабильностью урожайности у различных сортов риса. Сельскохозяйственная биология. № 5: С. 92-97.4.Гончарова Ю. К., Иванов А. Н., Князева А. Н., Глазко В. И. (2007) Эстеразные спектры и адаптивная пластичность сортов риса. Доклады Российской академии сельскохозяйственных наук. № 1: С. 3-4.5.Гончарова Ю. К. (2013) Селективная элиминация аллелей при получении дигаплоидных линий в культуре пыльников риса.
Генетика. Т. 49 (2): С. 196-203.6.Гончарова Ю. К., Харитонов Е. М. (2008) Взаимосвязь между устойчивостью к высоким температурам и стабильностью урожаев у риса. Аграрная Россия. № 3: С. 22-24.7.Гончарова Ю. К. (2009 a) Воздействие температурного стресса на продуктивность риса. Вестник Российской академии сельскохозяйственных наук. № 2: С. 40-42.8.Гончарова Ю. К. (2009 b) Генетические основы повышения устойчивости к высоким температурам у риса. Аграрная наука. № 9: С 35-37.9.Гончарова Ю. К., Харитонов Е. М. (2010) Механизм солеустойчивости российских сортов риса. Аграрный вестник Урала 2010: № 8 (74), С. 45-48.10.Гончарова Ю. К. (2010 а) Наследование признака «устойчивость к высоким температурам» у риса. Вестник ВОГиС. Т. 14 (4): С. 714-719.11.Гончарова Ю. К., Харитонов, Е. В. Литвинова (2010) Природа гетерозисисного эффекта. Доклады РАСХН. № 4: С. 10-12.12.Гончарова Ю. К. (2010 b) Наследование признаков, определяющих физиологический базис гетерозиса у гибридов риса. Сельскохозяйственная биология.
№ 5: С. 72-75.13.Гончарова Ю. К., Харитонов Е. М. (2013) О генетико-физиологических механизмах солеустойчивости у риса (Oryzasativa L.). Сельскохозяйственная биология. № 3: С. 3-11.14.Дымова О. В., Головко Т. К. (2007) Реакция устьиц на изменение температуры и влажности воздуха у растений разных сортов пшеницы, районированных в контрастных климатических условиях. Физиология растений. Т. 54 (1): С. 47-54.15.Крупнов В. А., Германцев Л. А. (2001) Влияние температуры воздуха на продуктивность яровой пшеницы в зоне каштановых почв Поволжья. Вестник Российской Академии сельскохозяйственной наук. № 2: С. 33-35.16.Пташкин В. В. (1968) Влияние внешних условий на органогенез различных сортов риса. Кр. ит. науч.-исслед. работы за 1964-1965 гг. ВНИИ риса. Краснодар: С. 3-8.17.Пташкин В. В. (1970) Влияние внешних условий на структуру урожая риса: Автореф. дис. … канд. с.-х. наук. Краснодар: 33 с.18.Пташкин В. В. (1971) Влияние внешних условий на озерненность метелок главного и бокового побегов риса.
Тр. ин-та. Всесоюз. науч.-исслед. ин-т риса. Вып. 1: С. 34-41.19.Рябушкина Н. А. (2005) Синергизм действия метаболитов в ответных реакциях растений на стрессовые фактор. Физиология растении. Т. 52 (4): С. 614-621.20.Фенелонова Т. М. (1962) Пути увеличения числа колосков на метелке риса: Автореф. дис.. канд. биол. наук. Краснодар: С. 20.21.Харитонов Е. М., Гончарова Ю. К. (2009) Показатели продуктивности у сортов риса отечественной селекции при повышенных температурах в связи с проблемой глобального изменения климата. Сельскохозяйственная биология. Серия «Биология растений». 1: С. 16-20.22.Шахбазов В. Г. (2007) Термотест как метод прогнозирования гетерозиса и общей жизнеспособности семян. Методы оценки устойчивости растений к неблагоприятным условиям среды. С. 71-77.23.Akbar M., Yabuno T., Nakao S. (1977) Breeding for saline resistant varieties of rice. I. Variability for salt tolerance among some rice varieties. Jpn. J. Breed. V. 22: Р. 277-284.24.Amtmann A., Sanders D. (1999) Mechanisms of Na+ uptake by plant cells.
Adv. Bot. Res. V. 29: Р. 75-112.25.Berthomieu P., Conejero G., Nublat A. et al. (2003)Functional analysis of AtHKT1 in Arabidopsis shows that Na+ recirculation by the phloem is crucial for salt tolerance. EMBO J. V. 22: P. 2004-2014.26.Bhumbla D. R., Abrol I. P. (1978) Saline and sodic soils. In: Soils and rice. International Rice Research Institute, Manila, Philippines: P. 719-738.27.Bohnert H. J., Gong Q., Li P., Ma S. (2006) Unraveling abiotic stress tolerance mechanisms — getting genomics going. Curr. Opin. Plant. Biol. V. 9: P. 180-188.28.Carden D. E., Walker D. J., Flowers T. J., Miller A. J. (2003) Single-cell measurements of the contribution of cytosolic Na+ and K+ to salt tolerance. Plant Physiol. V. 131: P. 676-683.29.Cassman K. G., Peng S., Olk D. C., Ladha J. K., Reichardt W., Dobermann A., Singh U. (1998) Opportunities for increased nitrogen-use efficiency from improved resource management in irrigated rice systems. Field Crops Res. V. 56: P. 7-39.30.Davenport R. J., Tester M.
(2000) A weakly voltage-dependant, nonselective cation channel mediates toxic sodium influx in wheat. Plant Physiol. V. 122: P. 823-834.31.Demidchik V., Tester M. (2002) Sodium fluxes through nonselective cation channels in the plasma membrane of protoplasts from Arabidopsis roots. Plant Physiol. V. 128: P. 379-387.32.Dionisio-Sese M. L., Tobita S. (2000) Effects of salinity on sodium content and photosynthetic responses of rice seedlings differing in salt tolerance. J. Plant Physiol. V. 157: P. 54-58.33.Dong Wei, Kehui Cui, Guoyou Ye, Junfeng Pan, Jing Xiang, Jianliang Huang, LixiaoNie. (2012 a) QTL mapping for nitrogen-use efficiency and nitrogen-deficiency tolerance traits in rice Plant Soil. V. 359: P. 281-295.34.Dong Wei, Kehui Cui, Junfeng Pan, Qiang Wang, Kai Wang, Xiaomei Zhang, Jing Xiang, LixiaoNie, Jianliang Huang. (2012 b) Identification of quantitative trait locifor grain yield and its components in response to low nitrogen application in rice. AJCS. V. 6: P. 986-994.35.Edwards J.
D., Janda J., Sweeney M. T., Gaikwad A. B., Liu B., Leung H., Galbraith D. W. (2008) Development and evaluation of a high-throughput, low-cost genotyping platform based on oligonucleotide microarrays in rice. Plant Methods. V. 4: P. 13.36.Flowers T. J., Yeo A. R. (1981) Variability in the resistance of sodium chloride salinity within rice (Oryza sativa L.) varieties. New Phytol. V.88: P. 363-373.37.Garcia A., Rizzo C. A., Ud-Din J. еt al. (1997) Sodium and potassium transport to the xylem are inherited independently in rice, and the mechanism of sodium: potassium selectivity differs between rice and wheat. Plant Cell Environ. V. 20: P. 1167-1174.38.Garciadeblas B., Senn M. E., Banuelos A., Rodriguez-Navarro A. (2003) Sodium transport and HKT transporters: the rice model. Plant J. V. 34: P. 788-801.39.Golldack D., Su H., Quigley F. et al. (2002) Characterization of a HKT-type transporter in rice as a general alkali cation transporter. Plant J. V. 31: P. 529-542.40.Grattan S. R., Zeng L.
, Shannon M. C., Roberts S. R. (2002) Rice is more sensitive to salinity than previously thought. Cal. Agric. V. 56: P. 189-195.41.Hirochika H., Guiderdoni E., An G. et al. (2004)Rice mutant resources for gene discovery. Plant Mol. Biol. V. 54: P. 325-334.42.Horie T., Yoshida K., Nakayama H. et al. (2001) Two types of HKT transporters with different properties of Na+ and K+ transport in Oriza sativa. Plant J., 27: 115-128.43.Horie T., Schroeder J. I. (2004) Sodium transporters in plants: diverse genes and physiological functions. Plant Physiol. V.136: P. 2457-2462.44.Ismail M., Heuer S., Thomson M. J., Wissuwa M. (2007) Genetic and genomic approaches to develop rice germplasm for problem soils. Plant. Mol. Biol. V. 65 (4): P. 547-570.45.Kabaki N. (1993) Growth and yield of japonica-indica hybid rice. Jpn. Agric. Res. Q. V. 27: P 88-94.46.Krishnan P., Rao A., V. Surya. (2005) Еffесts of genotype and environment on seed yield and quality of rice. J. Agr. Sci.: C. 283-292.47.Laurie S., Feeney K.
, Maathuis F. J. M. et al. (2002)A role for HKT1 in sodium uptake by wheat roots. Plant J. V. 32: P. 139-149.48.Li B. Z., Merrick M., Li S. M., Li H. Y., Zhu S. W., Shi W. M., Su Y. H. (2009)Molecular basis and regulation of ammonium transporter in rice. Rice Science. V. 16: P. 314-322.49.Li J., Xie Y., Dai A., Liu L., Li Z. (2009). Root and shoot traits responses to phosphorus deficiency and QTL analysis at seedling stage using introgression lines of rice. Journal of Genetics and Genomics. V. 36: P. 173-183.50.Lian X., Xing Y., Yan H., Xu C., Li X., et al. (2005)QTLs for low nitrogen tolerance at seedling stage identified using a recombinant inbred line population derived from an elite rice hybrid. Theor. Appl. Genet. V. 112: P. 85-96.51.Maathuis F. J. M., Filatov V., Herzyk P. et al. (2003) Transcriptome analysis of root transporters reveals participation of multiple gene families in the response to cation stress. Plant J. V. 35: P. 675-692.52.MackillD. J., Coffman W. R., Rutger J. N.
(1982) Pollen shedding and combining ability for high temperature tolerance in rice. Crop Science. N 22: P. 730-733.53.Moradi F., Ismail A. M., Gregorio G. B., Egdane J. A. (2003) Salinity tolerance of rice during reproductive development and association with tolerance at the seedling stage. Ind. J. Plant Physiol. V. 8: P. 105-116.54.Moradi F., Ismail A. M. (2007) Responses of photosynthesis, chlorophyll fluorescence and ROS scavenging system to salt stress during seedling and reproductive stages in rice. Ann. Bot. V. 99: P. 1161-1173.55.Mcnally K. L., Bruskiewich R., Mackill D., Buell C. R., Leach J. E., Leung H. (2006) Sequencing multiple and diverse rice varieties. Connecting whole-genome variation with phenotypes. Plant Physiol. V. 141: P. 26-31.56.Munns R., James R., Lauchli A. (1999) Approaches to increasing the salt tolerance of wheat and other cereals. J. Exp. Bot. V. 5: P. 1025-1043.57.Obara M., Sato T., Sasaki S., Kashiba K., Nagano A., Nakamura I., Ebitani T., Yano M., Yamaya T.
(2004)Identification and characterization of a QTL on chromosome 2 for cytosolic glutamine synthetase content and panicle number in rice. Theoretical and Applied Genetics: V. 110: P. 1-11.58.Obara M., Tamura W., Ebitani T., Yano M., Sato T., Yamaya T. (2010) Fine-mapping of qRL6.1, a major QTL for root length of rice seedlings grown under a wide range of Nh5+ concentrations in hydroponic conditions Theor. Appl. Genet. V. 121: P. 535-547.59.Pearson G. A., Bernstein L. (1959) Salinity effects at several growth stages of rice. Agron. J. V. 51: P. 654-657.60.Pessarakli M., Szabolcs I. (2006) Soil salinity and sodicity as particular plant/crop stress factors. In: Handbook of plant and crop stress. M. Pessarakli (ed.). Dekker, NY: P. 1-16.61.Peng S., Yang J., Lasa R. S., Sanico A. L., Visperas R. M., Son T. T. (2003) Physiological bases of heterosis and crop management strategies for hybrid rice in the tropics. Hybrid Rice for Food Security, Poverty Alleviation, and Environmental Protection: P.
153-173.62.Peng S., Ismail A. M. (2004) Physiological basis of yield and environmental adaptation in rice. In: Physiology and biotechnology integration for plant breeding. H. T. Nguyen, A. Blum (eds.). Marcel Dekker, NY: P. 83-140.63.Piao Z., Cho Y. I., Koh H. J. (2001) Inheritance of physiological nitrogen-use efficiency and relationship among its associated charaters in rice. Korean J. Breed. V. 33: P. 332-337.64.Ponnamperuma F. N. (1994) Evaluation and improvement of lands for wetland rice production. In: Rice and problem soils in South and Southeast Asia. IRRI Discussion Paper Series No. International Rice Research Institute, Manila, Philippines: P. 4-25.65.Ren Z. H., Gao J. P., Li L. G. et al. (2005 a) A rice quantitative trait locus for salt tolerance encodes a sodium transporter. Nature Genet. V. 37: P. 1141-1146.66.Ren Z. H., Gao J. P., Li L. G., Cai X. L., Huang W., Chao D. Y., Zhu M. Z., Wang Z. Y., Luan S., Lin H. X. (2005 b) A rice quantitative trait locus for salt tolerance encodes a sodium transporter.
Nat. Genet. V. 37: P. 1141-1146.67.Rengel Z. (1992) The role of calcium in salt toxicity. Plant Cell Envron. V. 15: P. 625-632.68.Rubio F., Gassmann W., Schroeder J. I. (1995) Sodium-driven potassium uptake by the plant potassium transporter HKT1 and mutations conferring salt tolerance. Science. V. 270: P. 1660-1663.69.Rus A., Yokoi S., Sharkhuu A. et al. (2001) AtHKT1 is a salt tolerance determinant that controls Na+ entry into plant roots. PNAS USA. V. 98: P. 14150-14155.70.Satake T., Yoshida S. (1978) High temperature- induced sterility in Indica rice in the flowering stage. Japan Jour. Crop Science. N 47: P. 6-17.71.Schroeder J. I., Ward J. M., Gassmann W. (1994) Perspectives on the physiology and structure of inward-rectifying K+ channels in higher plants: biophysical implications for K+ uptake. Annual. Rev. Biophys. Biomol. Struct. V. 23: P. 441-471.72.Seki M., Okamoto M., Matsui A. et al. (2009) Microarray Analysis for Studying the Abiotic Stress Responses in Plants. Molecular Techniques in Crop Improvement: P.
333-355.73.Senadheera P., Singh R. K., Frans J. M. (2009) Differentially expressed membrane transporters in rice roots may contribute to cultivar dependent salt tolerance Exp Bot. July; V. 60 (9): P. 2553-2563.74.Senapathy S., Kunnummal K. V., Palaniappan M., Marappa M. (2008) QTL and QTL × environment effects on agronomic and nitrogen acquisition traits in rice.J Integr. Plant Biol. V. 50: P. 1108-1117.75.Sexcion F. H., Egdane J. A., Ismail A. M., Sese M. L. (2009) Morpho-physiological traits associated with tolerance of salinity during seegling stage in rice (Oryza sativa L.) Phillippine Journal of Crop Science. V. 34: P. 27-37.76.Singhl R. K., Glenn B., Gregoriol K. et al. (2007) QTL mapping for salinity tolerance in rice. Physiol. Mol. Biol. Plant. V. 13: P. 87-99.77.Srividya A., Vemireddy L. R., Hariprasad A. S., Jayaprada M., Sridhar S., Ramanarao P. V., Anuradha G., Siddiq E. A. (2010) Identification and mapping of landrace derived QTL associated with yield and its components in rice under different nitrogen levels and environments.
International Journal of Plant Breeding and Genetics. V. 4: P. 210-227.78.Thomson M.J, M. Ocampo, J. Egdane, M. A. Rahman, A. G. Sajise, D. L. Adorada, E. Tumimbang-Raiz, E. Blumwald, Z. I. Seraj, R. K. Singh, G. B. Gregorio, A. M. Ismail. (2010) Characterizing the Saltol Quantitative Trait Locus for Salinity Tolerance in Rice, Rice. V. 3: P. 148-160.79.Turan S., Cornish K., Kumar S. (2012) Salinity tolerance in plants: Breeding and genetic engineering Australian Journal Crop Science AJCS. V. 6 (9): P. 1337-1348.80.Uozumi N., Kim E. J., Rubio F. et al. (2000)The Arabidopsis HKT1 gene homolog mediates inward Na+ currents in Xenopuslaevis oocytes and Na+ uptake in Saccharomyces cerevisiae. Plant Physiol. V. 122: P. 1249-1259.81.Walia H., Wilson C., Condamine P., Liu X., Ismail A. M., Zeng L. H., Wanamaker S. I., Mandal J., Xu J., Cui X. P., Close T. J. (2005) Comparative transcriptional profiling of two contrasting rice genotypes under salinity stress during the vegetative growth stage. Plant Physiol.
V. 139: P. 822-835.82.Wang D. L., Zhu J., Li Z. K. and Paterson A. H. (1999)Mapping QTLs with epistatic effects and QTL × environment interactions by mixed linear model approaches. Theor. Appl. Genet. P. 1255-1264.83.Yeo A. R., Flowers T. J. (1983) Varietal differences in the toxicity of sodium ions in rice leaves. Physiol. Plant. V. 59: P. 189-195.84.Yeo A. R., Flowers T. J. (1986) Salinity resistance in rice (Oryza sativa L.) and a pyramiding approach to breeding varieties for saline soils. Aust. J. Plant. Physiol. V. 13: P. 161-173.85.Yeo A. R., Yeo M. E., Flowers S. A., Flowers T. J. (1990)Screening of rice (Oryza sativa L.) genotypes for physiological characters contributing to salinity resistance, and their relationship to overall performance. Theor. Appl. Genet. V. 79: P. 377-384.86.Yoshida S., Forno D. A., Cock D. H., Gomez K. A. (1976) Laboratory manual for physiological studies of rice. IRRI, Philippines: P. 14-17.87.Young Cho, Wenzhu Jiang, Joong-Hyoun Chin, Zhongze Piao, Yong-Gu Cho, Susan R. McCouch, Hee-Jong Koh. (2007) Identification of QTLs Associated with Physiological Nitrogen Use Efficiency. Rice Mol. Cells. V. 23 (1): P. 72-7988.Zheng L., Shannon M. C., Lesch S. M. (2001)Timing of salinity stress affecting rice growth and yield components. Agric. Water Manag. V. 48: P. 191-206.Лаборатория органического синтеза [Институт химической биологии и фундаментальной медицины]
Human Serum Albumin Labelled with Sterically-Hindered Nitroxides as Potential MRI Contrast Agents. Dobrynin S., Kutseikin S., Morozov D., Krumkacheva O.A., Spitsyna A., Gatilov Yu., Silnikov V.N., Angelovski G., Bowman M.K., Kirilyuk I., Chubarov A.S. Molecules 2020 V. 25 P. 1709
Methanethiosulfonate Derivative of OX063 Trityl: A Promising and Efficient Reagent for Side-Directed Spin Labeling of Proteins. Tormyshev V.M., Chubarov A.S., Krumkacheva O., Trukhin D.V., Rogozhnikova O.Yu., Spitsina A.S., Kuzhelev A.A., Koval V.V., Fedin M.V., Godovikova T.S., Bowman M.K., Bagryanskaya E.G. Chem. Eur. J. 2020 V. 26 N 12 P. 2705-2712
Design, Synthesis and Molecular Modeling Study of Conjugates of ADP and Morpholino Nucleosides as A Novel Class of Inhibitors of PARP-1, PARP-2 and PARP-3. Sherstyuk Y.V., Ivanisenko N.V., Zakharenko A.L., Sukhanova M.V., Peshkov R.Y., Eltsov I.V., Kutuzov M.M., Kurgina T.A., Belousova E.A., Ivanisenko V.A., Lavrik O.I., Silnikov V.N., Abramova T.V. Int. J. Mol. Sci. 2020 V. 21 N 1 pii: E214
Biocompatibility of Small-Diameter Vascular Grafts in Different Modes of RGD Modification. Antonova L.V., Silnikov V.N., Sevostyanova V.V., Yuzhalin A.E., Koroleva L.S., Velikanova E.A., Mironov A.V., Godovikova T.S., Kutikhin A.G., Glushkova T.V., Serpokrylova I.Y., Senokosova E.A., Matveeva V., Khanova M.Yu., Akentyeva T.N., Krivkina E.O., Kudryavtseva Yu.A., Barbarash L.S. Polymers (Basel) 2019 V. 11 P. 174
Novel Peptide Conjugates of Modified Oligonucleotides for Inhibition of Bacterial RNase P . Novopashina D.S., Vorobjeva M.A., Nazarov A., Davydova A.S., Danilin N., Koroleva L.S., Matveev A.L., Bardasheva A., Tikunova N.V., Kupryushkin M.S., Pyshnyi D.V., Altman S., Venyaminova A.G. Front Pharmacol. 2019 V. 10 P. 813
Isolation, culturing and gene expression profiling of inner mass cells from stable and vulnerable carotid atherosclerotic plaques. Novikova O.A., Nazarkina Z.K., Cherepanova A.V., Laktionov P.P., Chelobanov B.P., Murashov I.S., Deev R.V., Godovikova T.S., Pokushalov E.A., Karpenko A.A., Laktionov P.P. PloS ONE 2019 V. 14 N 6 e0218892
Оценка адгезии, пролиферации и жизнеспособности эндотелиальных клеток пупочной вены человека, культивируемых на поверхности биодеградируемых нетканых матриксов, модифицированных RGD- пептидами. Антонова Л.В., Сильников В.Н., Ханова М.Ю., Королева Л.С., Серпокрылова И.Ю., Великанова Е.А., Матвеева В.Г., Сенокосова Е.А., Миронов А.В., Кривкина Е.О., Кудрявцева Ю.А., Барбараш Л.С. Вестник трансплантологии и искусственных органов 2019 Т. XXI № 1 С. 142-152
Observations on Protecting Groups in the Synthesis of Mono- and Triphosphates of Amino Alcohols. Sherstyuk Y.V., Chalova P.V., Silnikov V.N., Abramova T.V. Org. Prep. Proced. Int. 2019 V. 51 P. 182-191
New orthogonally trifunctionalized morpholine nucleosides. Abramova T.V., Koroleva L.S., Silnikov V.N. Mendeleev Communications. 2019 V. 29 P. 169-171
Biocompatibility of Small-Diameter Vascular Grafts in Different Modes of RGD Modification. Antonova L.V., Silnikov V.N., Sevostyanova V.V., Yuzhalin A.E., Koroleva L.S., Velikanova E.A., Mironov A.V., Godovikova T.S., Kutikhin A.G., Glushkova T.V., Serpokrylova I.Y., Senokosova E.A., Matveeva V., Khanova M.Yu., Akentyeva T.N., Krivkina E.O., Kudryavtseva Yu.A., Barbarash L.S. Biopolymers. 2019 V. 11 P. 174
Biotin-decorated anti-cancer nucleotide theranostic conjugate of human serum albumin: Where the seed meets the soil? Popova T.V., Khan H., Chubarov A.S., Lisitskiy V.A., Antonova N.M., Akulov A.E., Shevelev O.B., Zavjalov E L, Silnikov V.N., Ahmad S., Godovikova T.S. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2018 V. 28 N 3 P. 260-264.
ДНК с объемными повреждениями в обеих цепях молекулы как субстраты системы эксцизионной репарации нуклеотидов Лукьянчикова Н.В., Петрусева И.О., Евдокимов А.Н., Королева Л.С., Лаврик О.И. Молекулярная биология. 2018 Т. 52 № 2. C. 277-288.
A new approach to precise thermodynamic characterization of hybridization properties of modified oligonucleotides: Comparative studies of deoxyribo- and glycine morpholine pentaadenines Golyshev V.M., Abramova T.V., Pyshnyi D.V., Lomzov A.A. Biophysical Chemistry 2018 V. 234 P. 24-33.
Structural Basis for the Recognition and Processing of DNA Containing Bulky Lesions by the Mammalian Nucleotide Excision Repair System Evdokimov A.N., Tsidulko А.Yu., Popov A.V., Vorobjev Y.N., Lomzov A.A., Koroleva L.S., Silnikov V.N., Petruseva I.O., Lavrik O.I. DNA Repair 2018 V. 61 P. 86-98.
Ассоциация показателей функциональной активности маркеров Th2 и Th3 иммунитета с полиморфизмом генов HLA у лиц, вакцинированных против чумы | Кудрявцева
1. Бугоркова С.А., Щуковская Т.Н., Микшис Н.И., Клюева С.Н., Кудрявцева О.М., Кравцов А.Л., Гончарова А.Ю., Кожевников В.А., Санджиев Д.Н., Конушева С.В., Савченко С.П., Бембеева Е.С., Щербакова С.А., Кутырев В.В. Комплексное иммунологическое исследование вакцинированных живой чумной вакциной лиц, проживающих на территории Прикаспийского песчаного очага чумы в Республике Калмыкия //Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2018. Т. 17, № 3 (100). С. 38–49. doi: 10.31631/2073-3046-2018-17-3-38-50
2. Зверев В.В., Семенов Б.Ф., Хаитов Р.М. Вакцины и вакцинация: национальное руководство. М.: ГЭОТАР-Медиа, 2011. 880 с.
3. Конненков В.И. Смольникова М.В. Структурные основы и функциональная значимость аллельного полиморфизма генов цитокинов человека и их рецепторов //Медицинская Иммунология. 2003. Т. 5, № 1–2. С. 11–28.
4. Кудрявцева О.М., Щуковская Т.Н., Микшис Н.И., Клюева С.Н., Бугоркова С.А., Санджиев Д.Н., Конушева С.В., Савченко С.П., Хасыкова Б.А., Щербакова С.А. Выявление ассоциаций генов HLA II класса главного комплекса гистосовместимости с особенностями иммунного ответа у лиц, вакцинированных живой чумной вакциной в Республике Калмыкия //Проблемы особо опасных инфекций. 2017. № 3. С. 95–99. doi: 10.21055/0370-1069-2017-3-95-99
5. Об утверждении национального календаря профилактических прививок и календаря профилактических прививок по эпидемическим показаниям. Приказ Министерства здравоохранения РФ № 125н, 2014.
6. Попов Н.В., Кузнецов А.А., Матросов А.Н., Корзун В.М., Вержуцкий Д.Б., Вершинин С.А., Косилко С.А., Иннокентьева Т.М., Григорьев М.П., Дегтярев Д.Ю., Герасименко Е.В., Дубянский В.М., Шилов М.М., Топорков В.П., Зенкевич Е.С., Попов В.П., Лопатин А.А., Безсмертный В.Е., Балахонов С.В., Куличенко А.Н., Кутырев В.В. Эпизоо тическая активность природных очагов чумы Российской Федерации в 2008–2017 гг. и прогноз на 2018 г. //Проблемы особо опасных инфекций. 2018. № 1. С. 50–55. doi: 10.21055/0370-1069-2018-1-50-55
7. Фирстова В.В., Калмантаева О.В., Горбатов А.А., Кравченко Т.Б., Тюрин Е.А., Бондаренко Н.Л., Дятлов И.А., Караулов А.В. Оценка специфического гуморального и клеточного иммунитета у людей, периодически вакцинирующихся против чумы //Иммунопатология, аллергология, инфектология. 2015. № 3. С. 62–68. doi: 10.14427/jipai.2015.3.62
8. Хаитов Р.М. Иммунология: структура и функции иммунной системы: учебное пособие. М.: ГЭОТАР-Медиа, 2013. 280 с.
9. Щуковская Т.Н., Смолькова Е.А., Шмелькова Т.П., Клюева С.Н., Бугоркова С.А. Индуцированная продукция IFN и IL-4 как показатель функциональной активности Th2и Th3-клеток у вакцинированных против чумы людей //Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2011. Т. 6, № 61. С. 78–83.
10. Blackwell J.M., Jamieson S.E., Burgner D. HLA and infectious diseases. Clin. Microbiol. Rev., 2009, vol. 22, no. 2, pp. 370–385. doi: 10.1128/CMR.00048-08
11. Campbell R.D., Trowsdale J. Map of the human MHC. Immunol. Today, 1993, vol. 14, no. 7, pp. 349–352. doi: 10.1016/01675699(93)90234-C
12. Hohler T., Reuss E., Evers N., Dietrich E., Rittner C., Freitag C.M., Vollmar J., Schneider P.M., Fimmers R. Differential genetic determination of immune responsiveness to hepatitis B surface antigen and to hepatitis A virus: a vaccination study in twins. Lancet, 2002, vol. 360, no. 9338, pp. 991–995. doi: 10.1016/S0140-6736(02)11083-X
13. Jin P., Wang E. Polymorphism in clinical immunology – from HLA typing to immunogenetic profiling. J. Translat. Med., 2003, vol. 1, no. 1, pp. 8–19. doi: 10.1186/1479-5876-1-8
14. Kikuchi K., Lian Z.X., Kimura Y., Selmi C., Yang G.X., Gordon S.C., Invernizzi P., Podda M., Coppel R.L., Ansari A.A., Ikehara S., Miyakawa H., Gershwin M.E. Genetic polymorphisms of toll-like receptor 9 influence the immune response to CpG and contribute to hyper-IgM in primary biliary cirrhosis. J. Autoimmun., 2005, vol. 24, no. 4, pp. 347–352. doi: 10.1016/j.jaut.2005.03.002
15. Lambkin R., Novelli P., Oxford J., Gelder C. Human genetics and responses to influenza vaccination: clinical implications. Am. J. Pharmacogenomics, 2004, vol. 4, no. 5, pp. 293–308.
16. Musson J.A., Ingram R., Durand G., Ascough St., Waters E.L., Hartley M.G., Robson T., Maillere B. Repertoire of HLA-DR1restricted CD4 T-cell responses to capsular Caf1 antigen of Yersinia pestis in human leukocyte antigen transgenic mice. Infection and Immunity, 2010, vol. 78, no. 10, pp. 4356–4362. doi: 10.1128/IAI.00195-10
17. Ovsyannikova I.G., Jacobson R.M.,Vierkant R.A., O’Byrne M.M., Poland G.A. Replication of rubella vaccine population genetic studies: validation of HLA genotype and humoral response associations. Vaccine, 2009, vol. 27, no. 49, pp. 6926–6931. doi: 10.1016/j.vaccine.2009.08.109
18. Ovsyannikova I.G., Pankratz V.S., Vierkant R.A., Jacobson R.M., Poland G.A. Consistency of HLA associations between two independent measles vaccine cohorts: a replication study. Vaccine, 2012, no. 30, pp. 2146–2152. doi: 10.1016/j.vaccine.2012.01.038
19. Ovsyannikova I.G., Pankratz V.S., Vierkant R.A., Pajewski N.M., Quinn C.P., Kaslow R.A., Jacobson R.M., Poland G.A. Human leukocyte antigens and cellular immune responses to anthrax vaccine adsorbed. Infect. Immun., 2013, vol. 81, no. 7, pp. 2584–2591. doi: 10.1128/IAI.00269-13
20. Ovsyannikova I.G., Ryan J.E., Jacobson R.M., Vierkant R.A., Pankratz V.S., Poland G.A. Human leukocyte antigen and interleukin 2, 10 and 12p40 cytokine responses to measles: is there evidence of the HLA effect. Cytokine, 2006, vol. 36, no. 3–4, pp. 173–179. doi: 10.1016/j.cyto.2006.12.001
21. Ovsyannikova I.G., Vierkant R. A., Poland G.A. Importance of HLA-DQ and HLA-DP polymorphisms in cytokine responses to naturally processed HLA-DR-derived measles virus peptides. Vaccine, 2006, vol. 24, no. 25, pp. 5381–5389. doi: 10.1016/j.vaccine.2006.04.034
22. Poland G.A., Ovsyannikova I.G., Jacobson R.M. Vaccine immunogenetics: bedside to bench to population. Vaccine, 2008, vol. 26, no. 49, pp. 6183–6188. doi: 10.1016/j.vaccine.2008.06.057
23. Poland G.A., Ovsyannikova I.G., Jacobson R.M., Smith D.I. Heterogeneity in vaccine immune response: the role of immunogenetics and the emerging field of vaccinomics. Clinical Pharmacol. Ther., 2007, vol. 82, no. 6, pp. 653–664. doi: 10.1038/sj.clpt.6100415
24. Poland G.A., Ovsyannikova I.G., Kennedy R.B., Haralambieva I.H., Jacobson R.M. Vaccinomics and a new paradigm for the development of preventive vaccines against viral infections. OMICS, 2011, vol. 15, no. 9, pp. 625–636. doi: 10.1089/omi.2011.0032
25. Poland J.A., Ovsyannikova I.G., Johson K.L., Naylor S. The role of mass spectrometry in vaccine development. Vaccine, 2001, vol. 19, no. 17–19, pp. 2692–2700. doi: 10.1016/S0264-410X(00)00505-3
26. Tian C., Hromatka B.S., Kiefer A.K., Eriksson N., Noble S.M., Tung J.Y., Hinds D.A. Genome-wide association and HLA region fine-mapping studies identify susceptibility loci for multiple common infections. Nat. Commun., 2017, vol. 8, no. 1, p. 599. doi: 10.1038/s41467-017-00257-5
27. Wang C., Tang J., Song W., Lobashevsky E., Wilson C.M., Kaslow R.A. HLA and cytokine gene polymorphisms are independently associated with responses to hepatitis B vaccination. Hepatology, 2004, vol. 39, no. 4, pp. 978–988. doi: 10.1002/hep.20142
28. Zvi A., Rotem S., Zauberman A., Elia U., Aftalion M., Bar-Haim E., Mamroud E., Cohen O. Novel CTL epitopes identified through a Y. pestis proteome-wide analysis in the search for vaccine candidates against plague. Vaccine, 2017, vol. 35, no. 44, pp. 5995–6006. doi: 10.1016/j.vaccine.2017.05.092
№ п/п | Название и автор(ы) статьи | Кол-во цитирований |
1 | Vaskovsky V.E., Kostetsky E.Y., Vasendin I.M. A universal reagent for phospholipid analysis. J. Chromatogr. 1975. 114(1):129-141. https://doi.org/10.1016/S0021-9673(00)85249-8 | 842 |
2 | Kiselev K.V., Dubrovina A.S., Veselova M. V., BulgakovV.P., Fedoreyev S.A., Zhuravlev Y.N. The rolB gene-induced overproduction of resveratrol in Vitis amurensis transformed cells. J. Biotechnol. 2007. 128(3):681-692. https://doi.org/10.1016/j.jbiotec.2006.11.008 | 164 |
3 | Sanina N.M., Goncharova S.N., Kostetsky E.Y. Fatty acid composition of individual polar lipid classes from marine macrophytes. Phytochemistry. 2004. 65(6):721-730 https://doi.org/10.1016/j.phytochem.2004.01.013 | 144 |
4 | Sanina N.M., Goncharova S.N., Kostetsky E.Y. Seasonal changes of fatty acid composition and thermotropic behavior of polar lipids from marine macrophytes. Phytochemistry. 2008. 69(1):1517-1527. https://doi.org/10.1016/j.phytochem.2008.01.014 | 80 |
5 | Vaskovsky V.E., Kostetsky E.Y., Svetashev V.I., Zhukova I.G., Smirnova G.P. Glycolipids of marine invertebrates. Comp. Biochem. Physiol. 1970. 34(1):163-77. https://doi.org/10.1016/0010-406X(70)90064-2 | 72 |
5 | Latyshev N.A., Naumenko N.V., Svetashev V.I., Latypov Y.Ya. Fatty-acids of reef-building corals. Marine ecology progress series. 1991. 76(3):295-301. https://doi.org/10.3354/meps076295 | 54 |
6 | Dubrovina A., Kiselev K., Khristenko V. Expression of calcium-dependent protein kinase (CDPK) genes under abiotic stress conditions in wild-growing grapevine Vitis amurensis. J. Plant Physiol. 2013. 170(17):1491-1500. https://doi.org/10.1016/j.jplph.2013.06.014 | 43 |
7 | Kiselev K., Kusaykin M., Dubrovina A., Bezverbny D., Zvyagintseva T., Bulgakov V. The rolC gene induces expression of a pathogenesis-related beta-1,3-glucanase in transformed ginseng cells. Phytochemistry. 2006. 67(20):2225-2231. https://doi.org/10.1016/j.phytochem.2006.07.019 | 37 |
8 | Dubrovina А.S., Kiselev K.V., Veselova M.V., Isaeva G.A. Fedoreyev S. A. Zhuravlev Y.N. Enhanced resveratrol accumulation in rolB transgenic cultures of Vitis amurensis correlates with unusual changes in CDPK gene expression. J. Plant Physiol. 2009. 166 (11): 1194-1206. https://doi.org/10.1016/j.jplph.2009.01.006 | 36 |
9 | Bulgakov V., Gorpenchenko T., Veremeichik G., Shkryl Y., Tchernoded G., Bulgakov D., Aminin D., Zhuravlev Y. The rolB gene suppresses reactive oxygen species in transformed plant cells through the sustained activation of antioxidant defense. Plant Physiology. 2012. 158(3):1371-1381. https://doi.org/10.1104/pp.111.191494 | 34 |
10 | Shumakova O., Manyakhin A., Kiselev K. Resveratrol content and expression of phenylalanine ammonia-lyase and stilbene synthase genes in cell cultures of Vitis amurensis treated with coumaric acid. Appl. Biochem. Biotechnol. 2011. 165(5-6):1427-1436. https://doi.org/10.1007/s12010-011-9361-5 | 32 |
11 | Kiselev K., Gorpenchenko T., Tchernoded G., Dubrovina A., Grishchenko O., Bulgakov V., Zhuravlev Y. Calcium-dependent mechanism of somatic embryogenesis in Panax ginseng cell cultures expressing the rolC oncogene. Molecular biology. 2008. 42(2):243-252. https://doi.org/10.1134/S0026893308020106 | 32 |
12 | Bulgakov V.P., Tchernoded G.K., Mischenko N.P. Effects of Ca2+, channel blockers and protein kinase/phosphatase inhibitors on growth and anthraquinone production in Rubia cordifolia callus cultures transformed by the rolB and rolC genes. Planta. 2003. 217(3):349-355. https://doi.org/10.1007/s00425-003-0996-5 | 32 |
13 | Dubrovina A.S., Kiselev K.V., Khristenko V.S., Aleynova O.A. VaCPK20, a calcium-dependent protein kinase gene of wild grapevine Vitis amurensis Rupr., mediates cold and drought stress tolerance. J. Plant Physiol. 2015. 185:1-12. https://doi.org/10.1016/j.jplph.2015.05.020 | 31 |
14 | Kiselev K.V., Dubrovina A.S., Shumakova O.A., Karetin Y.A., Manyakhin A.Y. Structure and expression profiling of a novel calcium-dependent protein kinase gene, CDPK3a, in leaves, stems, grapes, and cell cultures of wild-growing grapevine Vitis amurensis Rupr. Plant Cell Rep. 2013. 32(3):431-42. https://doi.org/10.1007/s00299-012-1375-0 | 30 |
15 | Konstantin V.K., Shumakova O. A., Manyakhin A., Mazeika A.N. Influence of calcium influx induced by the calcium ionophore, A23187, on resveratrol content and the expression of CDPK and STS genes in the cell cultures of Vitis amurensis. Plant growth regulation. 2012. 68(3): 371-381. https://doi.org/10.1007/s10725-012-9725-z | 25 |
16 | Dubrovina A.S., Kiselev K.V. Regulation of stilbene biosynthesis in plants. Planta. 2017. 246(4):597-623. https://doi.org/10.1007/s00425-017-2730-8 | 24 |
17 | Bulgakov V.P. Avramenko T.V. New opportunities for the regulation of secondary metabolism in plants: focus on microRNAs. Biotechnology Letters. 2015. 37(9): 1719-1727. https://doi.org/10.1007/s10529-015-1863-8 | 24 |
19 | Kostetsky E.Y., Goncharova S.N., Sanina N.M., Shnyrov V.L. Season influence on lipid composition of marine macrophytes. Botanica Marina. 2004. 47(2): 134-139. https://doi.org/10.1515/BOT.2004.013 | 20 |
Отдел детской литературы Витебской областной библиотеки имени В.И. Ленина
- Подробности
- Создано 17.02.2017 10:42
Гончаров Иван Александрович
1812–1891
Иван Гончаров родился 18 июня 1812 года в городе Симбирске Российской империи (ныне Ульяновск, город европейской части России). Гончаровы принадлежали к купеческому сословию. Детство будущего писателя проходило в большом каменном доме, расположенном в самом центре города, с обширным двором и садом.
Первоначальное образование мальчик получил дома, затем в частном пансионе, после которого учился в Московском коммерческом училище (1822–1830). Осенью 1831 года поступил на словесный факультет Московского университета, где интересовался вопросами теории и истории литературы, изобразительным искусством, архитектурой, увлёкся театром.
По окончании университета с лета 1834 до весны 1835 года жил в Симбирске, где служил в канцелярии губернатора. Затем переехал в Петербург: занимал должность переводчика иностранной переписки в департаменте внешней торговли министерства финансов.
В 1838 и 1839 годах в рукописных альманахах литературно-художественного кружка живописца Н. Майкова появились романтические стихи Гончарова и первые повести «Лихая болесть» и «Счастливая ошибка».
Осенью 1852 года Гончаров отправился в путешествие к берегам Японии на русском военном корабле «Паллада» в качестве секретаря начальника экспедиции. За два с половиной года побывал в Англии, Южной Африке, Индонезии, Японии, Китае, на Филиппинах и на множестве небольших островов и архипелагов Атлантического, Индийского и Тихого океанов. В феврале 1855 года вернулся в Петербург сухопутным путём, через Сибирь и Заволжье. Впечатления от путешествия составили два тома очерков, изданных под названием «Фрегат «Паллада» (1858).
После путешествия писатель вернулся в департамент министерства финансов. Вскоре получил место цензора. В 1865 году стал членом Совета по делам печати, в 1867 году вышел на пенсию в чине генерала. Гончаров подал в отставку, так как трудная и хлопотливая служба мешала собственным литературным занятиям писателя – он уже опубликовал роман «Обломов» (1859).
В середине 1862 года писателя вновь пригласили на высокую должность в цензурный комитет: член Совета по делам книгопечатания, член Главного управления по делам печати. Лишь в 1867 году он окончательно покинул цензурный департамент.
Третий роман Гончарова «Обрыв» (1849–1868) явился плодом двадцатилетней работы. В 1870-е годы писатель выступал как талантливый критик: статья «Миллион терзаний», «Заметки о личности Белинского» и другие.
Последние годы жизни Гончаров провёл почти в полном уединении и немощи. 27 сентября 1891 года на восьмидесятом году жизни писатель ушёл из жизни. Похоронен на Новом Никольском кладбище Александро-Невской лавры (в 1965 году прах писателя перенесли на Волковское кладбище). В некрологе, опубликованном на страницах «Вестника Европы», отмечалось: «Подобно Тургеневу, Герцену, Островскому, Салтыкову, Гончаров всегда будет занимать одно из самых видных мест в нашей литературе».
ССЫЛКИ
Иван Александрович Гончаров на Википедии
Хронос : Иван Александрович Гончаров
Библиогид: На фрегате «Паллада»
Lib.ru/Классика
PROFILIB. Электронная библиотека
ЛитМир. Электронная библиотека
Bookscafe.net. Электронная библиотека
Экранизации произведений И. А. Гончарова
Обломов : материал из Википедии
Изучаем роман «Обломов»
Презентация на тему «Гончаров Иван Александрович»
Сайт, посвященный жизни и творчеству известного симбирского писателя Гончарова Ивана Александровича
Биография Ивана Гончарова
Журнал «Стоматолог»
Стоматолог № 4 (31) — 2018, стр. 29-33 Научные публикации
Микроорганизмы, образующие биопленку, в патогенезе сиаладенитов
В.К. Окуличa, А.И. Гончароваbaканд. мед. наук, доцент, Витебский государственный медицинский университет, Витебск, Беларусь
bВитебский государственный медицинский университет, Витебск, Беларусь
https://doi.org/10.32993/stomatologist.2018.4(31).5
РЕЗЮМЕ
Цель исследования – определить роль микроорганизмов, образующих биопленку в патогенезе сиаладенитов.
Материалы и методы. Обследовано 86 пациентов с сиаладенитами. Пациенты находились на стационарном лечении в УЗ «Витебская областная клиническая больница». Выделены и идентифицированы микроорганизмы протоковой слюны пациентов с сиаладенитами, определена способность выделенных изолятов к формированию биопленки, оценена чуствительность выделенных микроорганизмов к антибиотикам в составе биопленки.
Результаты исследования и их обсуждение. В 77,9 % случаев подтверждено значение микробного фактора, среди выделенных изолятов преобладали представители рода Streptococcus (42,1 %) и Staphylococcus (30,26 %). Наибольшей способностью к формированию микробной пленки среди часто встречающихся изолятов обладали представители вида S.aureus — 24,45;20,27-49,29 мкг/лунку. При сравнении МПК90 S.aureus в составе бипленок по сравнению с плактонными формами к антибиотикам обнаружено, что МПК90 выросла от 8,5 до 99 раз. Наиболее эффективными в отношении S. аureus являются имипенем, меропенем и ванкомицин.
Выводы.. ТИзучена этиологическая структура сиаладенитов, определена способность выделенных изолятов формировать биопленки и проведена оценка чувствительности выделенных микроорганизмов к антибиотикам в составе биопленки.
Ключевые слова: сиаладенит, биопленка, антибиотики
Литература- Оболенский, В.Н. Антибиотикопрофилактика, антибиотикотерапия и микробиологическая ситуация в хирургическом стационаре / В.Н. Оболенский [и др.] // Антибиотики и химиотерапия. – 2004. – № 49 (10). – С. 13–19.
- Кабанова, А.А. Показатели микроциркуляции у пациентов с флегмонами челюстно-лицевой области / А.А.Кабанова // Стоматолог. Минск. – 2016. – № 1 (20). – С.66–68.
- Кабанова, А.А. БАПНА-амидазная и эластазная активность ротовой жидкости пациентов с гнойно-воспалительными заболеваниями челюстно-лицевой области / А.А. Кабанова, А.И. Гончарова, С.А. Кабанова // Стоматолог. Минск. – – № 2 (13) – С. 7–10.
- Миранович, С.И. Бактериологическая характеристика флегмон челюстно-лицевой области / С.И. Миранович, Е.В. Петровский // Стоматолог. Минск. – – № 1 (8) – С. 69–72.
- Походенько-Чудакова, И.О. Сравнительная оценка эффективности лекарственных средств, используемых для профилактики осложнений при амбулаторных хирургических вмешательствах в полости рта / И.О. Походенько-Чудакова, А.П. Игнатович // Стоматолог. Минск. – – № 2 (5) – С. 43–46.
- Balaban N.Q. [et al.] Bacterial Persistence as a Phenotypic Switch. Science, 2004, vol. 305, no. 5690, pp. 1622–1625.
- Rice S.A. [et al.] Biofilm formation and sloughing in Serratia marcescens are controlled by quorum sensing and nutrient cues. J. Bacteriol, 2005, no. 187, pp. 3477–3485.
- Cassat J. [et. al.] Transcriptional profiling of a Staphylococcus aureus clinical isolate and its isogenic agr and sarA mutants reveals global differences in comparison to the laboratory strain RN6390. Microbiology, 2006, no. 152, pp. 3075–3090.
- Davey M.E., O’Toole G.A. Microbial biofilms: from ecology to molecular genetics. Microbiol. Mol. Biol. Rev., 2000, no.64, pp. 847–867.
- Donlan R.M., Costerton J.W. Biofilms: Survival Mechanisms of Clinically Relevant Microorganisms. CLIN. MIC. REV., 2002, vol. 15, no. 2, pp. 167–193.
- Shen Y. [et al.] Effect of ambient humidity on the strength of the adhesion force of single yeast cell inside environmental-SEM. Ultramicroscopy, 2011, vol. 111, no. 8, pp. 1176–1183.
- Palmer R.J.Jr., Stoodley P. Biofilms 2007: broadened horizons and new emphases. J. Bacteriol., 2007, no. 189 (22), pp. 7948–7960.
- Stewart P.S., Costerton J.W. Antibiotic resistance of bacteria in biofilms Lancet, 2001, no. 358, pp. 135–138.
Адрес для корреспонденции: Е-mail: [email protected]
Научные проекты | ФНКЦ физико-химической медицины
Геномное секвенирование
Aholeplasma laidlawiiAholeplasma laidlawii – представитель семейства микоплазм, отличающийся рядом специфических особенностей, значительно отличающих данный организм от других известных молликут.
В данной работе впервые получена полная последовательность генома Aholeplasma laidlawii PG8 протяженностью 1 496 992 п.о. и осуществлена его аннотация. Так же получен полный протеом Aholeplasma laidlawii PG8, в составе которого идентифицирован 521 белок, что составляет 44% от количества предсказанных ОРС. Впервые полученный полный протеом Aholeplasma laidlawii PG8 в нашем исследовании был использован в качестве основного инструмента протеогеномного профилирования исследуемого микроорганизма, позволяющего верифицировать геномную аннотацию, а так же подтвердить функциональную активность специфических метаболических путей.
Геном Aholeplasma laidlawii PG8 стал первым полноразмерным геномом бактерии, полностью выполненным в Российской Федерации.
Complete genome and proteome of Acholeplasma laidlawii. Lazarev VN, Levitskii SA, Basovskii YI, Chukin MM, Akopian TA, Vereshchagin VV, Kostrjukova ES, Kovaleva GY, Kazanov MD, Malko DB, Vitreschak AG, Sernova NV, Gelfand MS, Demina IA, Serebryakova MV, Galyamina MA, Vtyurin NN, Rogov SI, Alexeev DG, Ladygina VG, Govorun VM.
J Bacteriol. 2011 Sep;193(18):4943-53.
Геномное секвенирование
Spiroplasma melliferumИнтерес к структурно-функциональной организации генома спироплазм обусловлен их значением для сельского хозяйства развитых стран. Известно, что три вида спироплазм — S. citri, S. kunkelii и S. phoeniceum — поражают сельскохозяйственные растения, а S. melliferum является причиной массовой гибели медоносных пчел. Понимание механизмов взаимодействия спироплазм с организмами-хозяевами и идентификация их факторов вирулентности является черезвычайно важной задачей.
В данной работе впервые получена частичная последовательность генома S. melliferum KC3 протяженностью 1260174 пар нуклеотидов, что составляет 88% от размера полного генома, предсказанного в результате физического картирования, и осуществлена его аннотация. Так же получен полный протеом S. melliferum KC3, в составе которого идентифицирован 521 белок, что составляет 44% от количества предсказанных ОРС. Так же в работе впервые представлен метаболом данной бактерии.
На основе данных секвенирования были получены сведения о мобильных элементах в составе генома спироплазмы S. melliferum KC3. Показано, что мобильные элементы организуются из из генов, кодирующих фаговых белки, фрагменты либо полные последовательности транспозаз и смысловых белков, характерных для представителей семейства плектовирусов и являющихся факторами вирулентности. Примечательно, что подобные конструкции обладают значительным потенциалом к горизонтальному переносу
Application of Spiroplasma melliferum proteogenomic profiling for the discovery of virulence factors and pathogenicity mechanisms in host-associated spiroplasmas. Alexeev D, Kostrjukova E, Aliper A, Popenko A, Bazaleev N, Tyakht A, Selezneva O, Akopian T, Prichodko E,
Kondratov I, Chukin M, Demina I, Galyamina M, Kamashev D, Vanyushkina A, Ladygina V, Levitskii S, Lazarev V, Govorun V.
J Proteome Res. 2012 Jan 1;11(1):224-36.
Метагеном природного водоема Кротовая ляга
в сотрудничестве с ИЦиГ СО РАН.
Кротовая Ляга — водоем природного происхождения, привлекший внимание исследователей аномально высокой скоростью деградации биополимеров, попадающих в воду. В качестве исходного материала в исследовании использовались пробы грунта Кротовьей ляги. В ходе проекта была разработана методика выделения ДНК из придонных слоев грунта. На основе полученного образца ДНК была получена геномная библиотека с размером фрагментов 2000 пар нуклеотидов. На текущий момент библиотека прочитана в размере 8000 образцов с помощью секвенирования по методу Сэнгера с детекцией результатов в режиме капиллярного электрофореза. Так же подготовлена и прочитана фрагментная библиотека в формате полутора полных слайдов генетической платформы SOLiD™ 4 System (Applied Biosystems). Полученные данные переданы в ИЦиГ СО РАН для проведения дальнейшего анализа, в ходе которого в числе прочих значимых результатов в генном составе анализируемого образца обнаружено значительное количество и разнообразие генов, кодирующих различные ферменты в составе метаболических путей деградации биополимеров, в том числе семейства целлюлаз.
Компьютерный анализ метагеномных данных - предсказание количественной величины специфической активности белков. В.А. Иванисенко, П.С. Деменков, С.С. Пинтус, Т.В. Иванисенко, Н.Л. Подколодный, Л.Н. Иванисенко, Н.И. Гончарова, А. С. Розанов, А.В. Брянская, Е.С. Кострюкова, С.А. Левицкий, О.В. Селезнева, М.М. Чукин, А.К. Ларин, И.Г. Кондратов, В.Н. Лазарев, С.Е. Пельтек, В.М. Говорун, академик РАН Н.А. Колчанов.
Доклады академии наук, 2012, том 443, №2, с. 1-5.
«Русский метагеном»
в рамках российского метагеномного консорциума (www.metagenome.ru)
Нормальная микрофлора (нормофлора, микробиота) человека имеет чрезвычайно важное общебиологическое значение. Сформировано представление, согласно которому кишечный микробиоценоз представляет собой высокоорганизованную систему, реагирующую качественными и количественными сдвигами на динамическое состояние организма человека в различных условиях жизнедеятельности, здоровья и болезни.
В ходе реализации проекта с использованием генетической платформы SOLiD™ 4 System (Applied Biosystems) выполнено глубокое секвенирование свыше 150 образцов ДНК, выделенных из кала здоровых людей, проживающих на территории Российской Федерации – как в крупных городах (Москва, Санкт-Петербург, Ростов-на-Дону, Саратов, Новосибирск), так и в сельской местности (Омская область, Тыва, Хакасия, Татарстан).
Нуклеотидные последовательности, полученные в ходе эксперимента для каждого из образцов, были картированы на известные геномы кишечных бактерий, после чего образцы сравнивались между собой статистическими методами по таксономическим единицам и функциональным группам генов. Для вычленения особенностей метагенома жителей Российской Федерации в мировом контексте, полученные результаты были подвергнуты сравнительному анализу вместе с существующими данными для взрослых жителей Западной Европы (Дания, n=85), Северной Америки (США, n=137), коренных жителей Южной Америки (Венесуэла, n=10) и Африки (Малави, n=5).
В целом, полученные результаты соответствуют данным, представленным в аналогичных европейских и американских исследованиях. Из 86 микробных родов, представленных в базе данных, 61 род, как было обнаружено, присутствует хотя бы в одном из исследованных образцов. Основными количественными доминантами стали представители родов Prevotella, Bacteroides, Faecalibacterium, Roseburia, Lachnospiraceae, Coprococcus, Blautia, Ruminococcus. В свою очередь, их совокупность составляет более 80% общей относительной представленности во всех российских образцах.
В то же время к ярким особенностям российской выборки относится наличие уникальных преобладающих сочетаний микроорганизмов, ранее не описанных в мировой литературе. В состав подобных кластеров входят представители родов Prevotella, Lachnospiraceae, Coprococcus, Faecalibacterium, Roseburia, Ruminococcus и Bifidobacterium. Важно, что они обнаруживаются у жителей отдаленных регионов Российской Федерации, в отличие от жителей крупных городов, качественный и количественный состав микробиоты которых в значительной степени схож с данными, получаемыми для жителей стран Европы. Сходство между образцами внутри каждого кластера значительно варьируется в зависимости от выбора метрики: их бактериальные соотношения схожи, если основываться на корреляции по Спирмену (0,93 ± 0,07 SD), однако, при использовании UniFrac расхождения достаточно высоки (0.04±0.03). Подобное наблюдение может объясняться значительным сходством качественного состава образца при достаточно серьезных различиях на количественном уровне, что характерно для семейных случаев, а так же анализа образцов из закрытых популяций.
Malina - a web-based tool for visual analytics of human gut microbiota whole-genome metagenomic reads. Alexander V Tyakht, Anna S Popenko, Maxim S Belenikin, Ilya A Altukhov, Alexander V Pavlenko, Elena S Kostryukova, Oksana V Selezneva, Andrei V Larin, Irina Y Karpova, Dmitry G Alexeev. Source Code Biol Med. (2012) 7(1):13.
Транскриптомное профилирование мха Physcomitrella patens.
в сотрудничестве с ИБХ РАН
Исследование посвящено системному анализу процессов пептидогенеза в растительных клетках. Одним из важных этапов системного анализа пептидогенеза, протекающего в растительных клетках является анализ транскрипции генов, в том числе тех, которые кодируют белки прекурсоры пептидов. В ходе реализации проекта был проведен анализ транскриптома клеток гаметофоров, протонемы и протопластов, выделяемых из протонемы мха P. patens.
Секвенирование проводилось с использование генетической платформы SOLiD™ 4 System (Applied Biosystems). Образцы были проанализированы в нескольких повторах — гаметофоры: два биологических и два технических, протонема и протопласты: по три биологических и два технических повтора. В итоге получили 173, 197 и 204 миллионов ридов для образцов гаметофоров, протонемы и протопластов, соответственно. Значения корреляции Спирмена между измерениями экспрессии генов методом ПЦР и РНК-секвенирования составило 0.7, 0.7 и 0.8 для образцов гаметофоров, протонемы и протопластов, соответственно.
Мы оценили уровень экспрессии генов белков-прекурсоров в сравнении с остальными генами. Распределение уровней экспрессии генов во всех трех состояниях оказалось близким к логнормальному, причем гены белков-прекурсоров являются высокоэкпрессируемыми. Это подтверждается статистическим тестом Манна-Уитни-Уилкоксона: гаметофоры (W = 263423.5, p-value < 2.2e-16), протонема (W = 447475.5, p-value < 2.2e-16), протопласты(W = 9291323, p-value < 2.2e-16). Следует отметить, что наблюдается снижение общего уровня экспрессии генов в протопластах (W = 64461020, p-value < 2.2e-16).
Полученные в результате реализации проекта данные по транскрипции генов в разных тканях мха, совместно с данными по протеому и пептидому могут быть использованы для построения системных моделей процессов пептидогенеза.
Новые кандидатные маркеры колоректального рака по данным полногеномного метилирования
Метилирование ДНК является важным механизмом регуляции работы генетического аппарата в нормальном и в патологических состояниях клеток. С использованием биочипа HumanMethylation450 для сканера iScan Plus (Illumina) был проанализирован статус метилирования 485577 сайтов ДНК в 22 образцах аденокарциномы толстой кишки и 22 биоптатах нормального эпителия толстой кишки от тех же пациентов.
В кандидатную панель отбирали дифференциально метилированные CpG сайты, удовлетворяющие одновременно следующим критериям: разница средних значений степеней метилирования в группах > 40% FDR p<0.05; разброс степеней метилирования в группе нормы < 25%; отсутствие пересечения крайних значений метилирования в сравниваемых группах (InformationGain =1).
После применения вышеописанного алгоритма в предварительную панель вошло 14 CpG сайтов. Обучение классификационной модели на основе линейной регрессии и дополнительный отбор атрибутов были выполнены на исходной выборке в программе RapidMiner 5.1. В итоговую модель вошли 3 наиболее информативных сайта метилирования, расположенные в генах: ADHFE1(cg01588438), COL4A1 (cg27546237) и C1orf70 (cg15487867). Далее была осуществлена валидация модели на данных по метилированию, предоставленных консорциумом Cancer Genome Atlas (247 образцов: 205 – аденокарцинома, 42 – нормальная ткань). Результаты независимой валидации теста: диагностическая чувствительность — 98.09% и специфичность 97.37%. Данные по ассоциации с колоректальным раком гена C1orf70 (cg15487867) получены впервые. Для генов ADHFE1(cg01588438) и COL4A1 (cg27546237) такие ассоциации были показаны ранее, но они не анализировались в качестве кандидатных маркеров для диагностики. Полученные показатели классификационной модели, верифицированные на независимой выборке, говорят о диагностическом потенциале отобранных маркеров.
(PDF) Ионное профилирование имплантированных примесей в Si (001) с избыточной концентрацией вакансий
скрытый слой SiO2 поверх подложки Si. Было показано, что
большие комплексы вакансий остаются в верхней пленке
Si после изготовления SIMOX. Эти вакансии
икомплексов связаны с атомами кислорода, образуя кластеры из
атомов кислорода [8].
де Соуза и др. [9,10] показали, что во время имплантации ионов при высокой температуре
в Si возникают химические эффекты
, связанные с процессом образования дефектов
, в зависимости от типа ионов, используемых при имплантации
( N, O, Ne или Mg).Например, образцы
, имплантированные N, показали более высокую деформацию сжатия в приповерхностной области
, чем образцы с имплантированным 0, что было связано с
с более высокой концентрацией вакансий.
Целью настоящей работы является изучение поведения As и
Sb во время высокотемпературной обработки в Si
, предварительно имплантированном N или O при высокой температуре и
SIMOX. Кроме того, мы хотим проверить, влияют ли химические эффекты
, наблюдаемые при генерации дефектов в имплантации N и
O, на диффузию легирующей примеси.
РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
Пики Sb в рассеянии ионов средней энергии
Спектрыпри случайном совмещении образцов представлены на рис. 1
для образцов, имплантированных Sb. Данные Sb для имплантированного образца as-
(до отжига) показаны как эталонные
. Аналогичные результаты были достигнуты для имплантированных образцов мышьяка
, представленных в другом месте. [11] Имеется
небольшого уширения распределения легирующей примеси после RTA,
подразумевает диффузию к основной части образца (
низкоэнергетических хвостов пиков ), а также к поверхности
(высокоэнергетические края).Образец SIMOX
показывает поверхностный пик, связанный с сегрегацией Sb на границе
между подложкой Si и исходным SiO2
после RTA. Значительно более высокое количество Sb
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ИНФОРМАЦИЯ
Для дальнейшего понимания влияния вакансий на
перераспределение As и Sb, вызванное высокими температурами отжига
, были проведены эксперименты по совместной имплантации
. (2.пучок с энергией 130,5 кэВ был использован
для измерений рассеяния ионов средней энергии (MEIS)
как в случайном, так и с канальным выравниванием
. Энергии обратно рассеянных ионов составили
, измеренные с помощью тороидального детектора электростатической энергии с высоким разрешением (AE / ii ~ 0,1%)
, что дало разрешение по глубине
~ 0,9 нм на глубине 50 А. Геометрия двойной юстировки
была используется во всех измерениях каналов
, чтобы минимизировать сигнал от подложки Si
.Луч был выровнен в направлении канализации [100]
, в то время как детектор был центрирован
вокруг направления блокировки [111], что соответствует
углу рассеяния 125,5 ° градусов. Для случайных измерений геометрии
образец был повернут в сагиттальной плоскости
таким образом, что падающий луч был направлен на
на 9 ° от нормали к образцу, но угол обратного рассеяния
оставался постоянным. Приближение поверхности
со значениями потерь энергии, извлеченными из программного пакета SRIM
, использовалось для преобразования энергетической шкалы
спектров в шкалу глубины до
0.o> oii СП
f \ i °°; \ / v \ ° y \
/
B
/ ° °° oo • T ** 3 io
118 120 122 124 126
Энергия (кэВ)
РИСУНОК 1. Спектры МЭИС при случайном совмещении отожгли
образца. Данные имплантированного образца показаны сплошной линией
для справки. (A) После RTA наблюдается диффузия к поверхности
и основной части подложки. Sb начинает сегрегацию
на границе раздела с естественным оксидом, особенно в образце
SIMOX. (B) После FA более крупный пик Sb на границе раздела SiOj / Si
показывает большую сегрегацию.Sb диффундирует к
по объему и поверхности образца.
138
Повторное использование контента AIP Publishing регулируется условиями по адресу: https://publishing.aip.org/authors/rights-and-permissions IP: 107.175.115.11 В понедельник, 28 ноября 2016 г. 12:35: 12
Людмила Гончарова | Кафедра инженерной физики
Кафедра инженерной физики проводит серию семинаров, на которые мы пригласили различных докладчиков из числа выпускников, нынешних студентов или сторонних организаций.
Д-р Людмила Гончарова, факультет физики и астрономии Университета Западного Онтарио.
Глубинный анализ ионов с высоким разрешением: не только материалы с высоким содержанием KАфиша мероприятия
Аннотация:
Излучение света квантовыми структурами Si и Ge было предметом исследований в связи с необходимостью использования кремниевых источников света в оптоэлектронных и фотонных приложениях. Мы применяем передовые методы роста наноматериалов, такие как имплантация ионного пучка и молекулярно-лучевая эпитаксия (МБЭ), для изготовления светоизлучающих квантовых структур Si / Ge.Мы сравниваем Si QD, полученные в оксиде кремния и нитриде кремния, и обсуждаем их возможности для применения в светоизлучающих устройствах. Существует взаимосвязь между методом приготовления квантовых структур Si и Ge и структурными, электронными и оптическими свойствами с точки зрения силы квантового ограничения (QC). Относительно простая модель QC, использующая возмущение типа «частица в коробке» к теории эффективной массы, была применена к квантовым ямам, проволокам и точкам Si и Ge с помощью различных методов подготовки.
Постепенное уменьшение размеров и внедрение новых материалов в узлы полупроводниковой технологии менее 32 требует постоянного улучшения профилирования ионной глубины с высоким разрешением (HRDP). Одна из проблем здесь заключается в том, что свойства переноса электронов этих разнообразных материалов тесно связаны с основными взаимодействиями на границе раздела. Мы продемонстрируем новое применение методов HRDP, включая спектроскопию резерфордовского обратного рассеяния (RBS), рассеяние ионов средних энергий (MEIS), рассеяние ионов низких энергий (LEIS) и профилирование ядерных реакций (NRP) к высокому k / металлическому затвору, солнечному элементу. и фотонные структуры.
Биография:
Исследования Л. Гончаровой относятся к более широкой области тонкопленочных структур оксидов металлов / альтернативных каналов и полупроводниковых квантовых точек (КТ) и их границ раздела. Доктор Гончарова получила степень магистра наук. окончила Московский государственный университет им. М. В. Ломоносова (Москва, Россия) в 1996 г. и защитила кандидатскую диссертацию. степень по химии в 2003 году от Рутгерса, Государственный университет Нью-Джерси (Нью-Джерси, США) в 2003 году, специализирующаяся на физике поверхности и атомном рассеянии тепловой энергии. В 2003–2007 годах она была научным сотрудником, занимавшимся пост-докторской степенью, а затем научным сотрудником в университете Рутгерса.Она присоединилась к Университету Западного Онтарио в качестве доцента физики в 2007 году и стала доцентом в 2014 году. С 2012 года д-р Гончарова является директором Western Tandetron Accelerator Facility, уникального центра для анализа и модификации передовых технологий. материалы с ионными пучками и ядерной техникой. Она была обладательницей премии NSERC University Faculty Award и премии за ранние исследования. Основное внимание в ее исследованиях уделялось изучению и оптимизации полупроводниковых материалов и наноструктур для усовершенствованной электроники, оптоэлектроники, а в последнее время — в более широкой области материалов и их роли в формировании технологий и влиянии на общество.
Арт-анализ обнаружил подделки русского авангарда
На изображении выше показана коротковолновая инфракрасная фотография Продавца апельсинов, сделанная Гончаровой, на которой видны небольшие пентименты — или нижние рисунки — на лице. Наталья Гончарова, Продавец апельсинов, 1916. © Art Analysis & Research, 2017. Art Analysis & Research Inc. и Музей Людвига. Все права защищены. Участники проекта (слева направо): Петра Мандт, реставратор картин, Музей Людвига; Джиллин Надольни, ArtDiscovery; Верена Франкен, внештатный консерватор.© Museum Ludwig, 2017. Art Analysis & Research Inc. и Museum Ludwig. Все права защищены.Несмотря на то, что это табуированная тема долгое время, многие в мире арт-анализа начинают открыто говорить о том, как они имеют дело с неаутентичным искусством. На недавней выставке Музей Людвига представил результаты систематического исследования более 100 картин русского авангарда — движения, которое, как известно, подвержено подделкам. Посетители музея могут получить представление о методах, используемых для изучения этих работ, включая инфракрасную и рентгеновскую визуализацию, испытания тканей, а также анализ пигментов и связующих сред.
Цифровой рентгеновский снимок, Наталья Гончарова, Продавец апельсинов, 1916. © Art Analysis & Research, 2017. Art Analysis & Research Inc. и Музей Людвига. Все права защищены.При финансовой поддержке Российского исследовательского авангардного проекта (RARP) Джиллин Надольный и ее команда из ArtDiscovery (ранее Art Analysis & Research) изучили 14 картин плодовитой пары художников Михаила Ларионова и Натальи Гончаровой, чтобы создать детальное тело. техническая информация, с которой можно сравнивать подделки, что обеспечивает рынок искусства.Их мультианалитический подход включает идентификацию пигментов с помощью рамановской микроскопии, определение элементов с помощью SEM-EDX и морфологию частиц с помощью микроскопии в поляризованном свете.
«На рынке искусства растет потребность в информации, основанной на доказательствах; Хотя искусство уже давно оценивается с точки зрения происхождения и знатока, анализ искусства предоставляет жизненно важные доказательства в поддержку этих форм оценки », — говорит Надольный. Подделки часто выдаются наличием аномальных материалов, изобретенных после того, как объект должен был быть изготовлен.«Техническая визуализация дает информацию о повторно используемых опорах — распространенный трюк фальсификатора состоит в том, чтобы сделать картину более старой, повторно используя более ранние работы, — в то время как другие формы анализа, такие как радиоуглеродное датирование, позволяют нам определить более точное происхождение», — говорит Надольный.
Но художественный анализ полезен не только для обнаружения подделок, он также может помочь распознать и подтвердить подлинные произведения, чтобы понять их более полно и обеспечить лучшую сохранность в будущем. «Благодаря анализу мы можем узнать обо всех аспектах материального объекта: состоянии, исходных материалах и методах, истории реставрации и физических изменениях материалов, и даже о том, как на самом деле работал художник», — добавляет Надольный.«Многие специалисты, от искусствоведов до консерваторов и юристов, отстаивающих случаи аутентичности, будут использовать нашу информацию — каждый по-своему». Некоторые интересные результаты анализа, проведенного командой, включали обнаружение скрытых изображений, которые были закрашены художниками, повторное датирование некоторых работ с использованием данных об идентифицированных материалах и удивительно широкое использование нижних рисунков парой.
Есть надежда, что такие исследования будут и дальше поощряться — не только для того, чтобы помочь минимизировать риски на международном рынке искусства, но и для лучшего информирования о нашем понимании и сохранении искусства для будущих поколений.
К тому времени, когда я получил степень по микробиологии, я пришел к одному выводу — я не хочу работать в лаборатории. Вместо этого я решил переехать на юг Испании, чтобы преподавать английский язык. После двух блестящих лет я понял, что скучаю по науке, и что мне действительно нравилось, так это делиться научными идеями — будь то четырехлетние дети или зрелые профессионалы.По возвращении в Англию я получил работу в научной литературе и обнаружил, что она идеально сочетает мои увлечения. Сейчас в Texere я могу оттачивать эти навыки каждый день, рассказывая о последних исследованиях в увлекательной и творческой форме.
Ограничения контроля электрофизических характеристик квантово-размерных структур методом электрохимического емкостно-напряженного профилирования
Бурлаков И.Д., Болтар К.О., Власов П.В., Лопухин А.А., Торопов А.И., Журавлев К.С., Фадеев В.В., Ж.Commun. Technol. Электрон. 62 , 309 (2017).
Артикул Google Scholar
М. Каневска и И. Сломка, Crystal Research & Tech. 36 (8–10), 1113 (2001).
Google Scholar
П.Н. Брунков, А.А. Гуткин, М.Е. Рудинский, О.И. Ронгин, А.А. Ситникова, А.А. Шахмин, Б.Я. Бер, Д.Ю. Казанцев, А.Ю. Егоров, В.Е. Земляков, С.Конников, Полупроводники 45 , 811 (2011).
Артикул Google Scholar
П.Н. Брунков, С.О. Усов, Ю. Мусихин Г., Жуков А. Е., Цирлин Г. Е., Устинов В. М., Конников С. Г., Расулова Г. К., Полупроводники 38 , 451 (2004).
Артикул Google Scholar
Вакив Н.М., Завербный И.Р., Заячук Д.М., Круковский С.И., И.О. Мрыхин, Технол. & Konstr. Электрон. Аппарат, №3, 40 (2005).
Google Scholar
Р. Блок, П. П. Альтерматт и Дж. Шмидт, в Proc. 23-е евро. Конференция по фотоэлектрической солнечной энергии, (PVSE) Валенсия, Испания, 1–5 сентября 2008 г. (PVSE, 2008), стр. 1510–1513.
Ю. Я. Гуревич и Ю. Плесков В., Усп. Хим. 52 , 563 (1983).
Артикул Google Scholar
В.Гуртов, Твердотельная электроника: Учебное пособие (Петрозаводск, Петрозаводск, 2005).
Google Scholar
Д. С. Фролов, Г. Е. Яковлев, В. И. Зубков, А. Л. Дудин, А. В. Соломникова, Е. С. Кунашик, Изв. СПГЭТУ «ЛЭТИ», №2, 6 (2016).
Шумский И.А., Контр.-Изм. Приб. И систем., 2017, №2, 10.
Зубков В.И., Заявл. в Вестн. РГРТУ, No.4, 66, (2009).
Google Scholar
Специальный выпуск: Профилирование вторичных метаболитов методами масс-спектроскопии
Уважаемые коллеги,
Почти все организмы, за исключением птиц и млекопитающих, производят вторичные или, как их недавно стали называть, специализированные метаболиты. Они включают терпеноиды (неароматические соединения, образованные из звеньев изопрена C5), ароматические и неароматические поликетиды (образованные из звеньев уксусной кислоты), фенолы (обычно образованные из ароматических аминокислот фенилаланина и тирозина, образующихся в результате пути шикимовой кислоты), и алкалоиды, которые объединяют аминокислоты с предшественниками из ранее упомянутых путей.И последнее, но не менее важное: нерибосомные пептиды также классифицируются как вторичные метаболиты. Растения накапливают очень большие количества в специализированных тканях, и поэтому многие из них приобрели репутацию источников лекарств в традиционной медицине. Кроме того, многие прокариотические и эукариотические микробы также являются эффективными продуцентами вторичных метаболитов, некоторые из которых приобрели значение в качестве антибиотиков при лечении бактериальных заболеваний человека. Согласно общему мнению, вторичные метаболиты помогают организму-продуценту контролировать своих хищников и конкурентов благодаря своим антифидантным, антимикробным и в целом токсическим свойствам.Однако некоторые исследования указывают на то, что, помимо биотического стресса, вторичные метаболиты также могут помочь пережить абиотический стресс или способствовать усвоению необходимого количества микроэлементов, таких как железо или медь. Антиоксидантные свойства некоторых вторичных метаболитов привлекли внимание к ним как к полезным пищевым добавкам. Напротив, метаболиты грибов считаются высокотоксичными микотоксинами, когда грибы производят их на пищевых продуктах или сельскохозяйственных культурах. Прооксидантная активность может служить сигналом при низких дозировках, тогда как более высокие дозировки обычно считаются токсичными.Вторичные метаболиты с небольшой структурой летучие. Они превратились в важные сигналы, которые, например, могут привлекать опылителей к цветам, а также паразитов к своей добыче. В попытках изучить их часто спорную биологическую функцию и их эффекты в качестве лекарств, полезных пищевых соединений или токсичных компонентов пищи, для анализа требуются эффективные качественные и количественные аналитические методы. Связывание газовой и жидкостной хроматографии с масс-спектрометрией превратилось в метод выбора для современного профилирования вторичных метаболитов.
Цель этого специального выпуска — дать обзор анализа вторичных метаболитов в эпоху метаболомики с помощью методов, основанных на масс-спектрометрии. В идеале он должен не только содержать успешные примеры из практики, но и указывать на внутренние подводные камни и ограничения. Комментарии о полезных статистических методах, доступных базах данных для выяснения структуры и прогрессе в методологии приветствуются. Мы надеемся, что выводы, представленные экспертными лабораториями, станут ценным руководством для сообщества исследователей, изучающих вторичные метаболиты помимо первичных метаболитов (сахаров, органических и аминокислот среди других), которые обычно являются предметом внимания в метаболомических исследованиях.
Доктор Франц Хадачек
Проф. Доктор Петр Карловский
Приглашенные редакторы
Информация для подачи рукописей
Рукописи должны быть отправлены онлайн по адресу www.mdpi.com, зарегистрировавшись и войдя на этот сайт. После регистрации щелкните здесь, чтобы перейти к форме отправки. Рукописи можно подавать до установленного срока. Все статьи будут рецензироваться. Принятые статьи будут постоянно публиковаться в журнале (как только они будут приняты) и будут перечислены вместе на веб-сайте специального выпуска.Приглашаются исследовательские статьи, обзорные статьи, а также короткие сообщения. Для запланированных статей название и краткое резюме (около 100 слов) можно отправить в редакцию для объявления на этом сайте.
Представленные рукописи не должны были публиковаться ранее или рассматриваться для публикации в другом месте (за исключением трудов конференции). Все рукописи тщательно рецензируются в рамках процесса простого слепого рецензирования. Руководство для авторов и другая важная информация для подачи рукописей доступна на странице Инструкции для авторов. Cells — это международный рецензируемый ежемесячный журнал с открытым доступом, публикуемый MDPI.
Пожалуйста, посетите страницу Инструкции для авторов перед отправкой рукописи. Плата за обработку статьи (APC) для публикации в этом журнале с открытым доступом составляет 2000 швейцарских франков. Представленные документы должны быть хорошо отформатированы и написаны на хорошем английском языке. Авторы могут использовать MDPI Услуги редактирования на английском языке перед публикацией или во время редактирования автора.
Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности.Если ваш браузер не принимает файлы cookie, вы не можете просматривать этот сайт.
Настройка вашего браузера для приема файлов cookie
Существует множество причин, по которым cookie не может быть установлен правильно. Ниже приведены наиболее частые причины:
- В вашем браузере отключены файлы cookie. Вам необходимо сбросить настройки своего браузера, чтобы он принимал файлы cookie, или чтобы спросить вас, хотите ли вы принимать файлы cookie.
- Ваш браузер спрашивает вас, хотите ли вы принимать файлы cookie, и вы отказались.Чтобы принять файлы cookie с этого сайта, используйте кнопку «Назад» и примите файлы cookie.
- Ваш браузер не поддерживает файлы cookie. Если вы подозреваете это, попробуйте другой браузер.
- Дата на вашем компьютере в прошлом. Если часы вашего компьютера показывают дату до 1 января 1970 г., браузер автоматически забудет файл cookie. Чтобы исправить это, установите правильное время и дату на своем компьютере.
- Вы установили приложение, которое отслеживает или блокирует установку файлов cookie.Вы должны отключить приложение при входе в систему или проконсультироваться с системным администратором.
Почему этому сайту требуются файлы cookie?
Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности, запоминая, что вы вошли в систему, когда переходите со страницы на страницу. Чтобы предоставить доступ без файлов cookie потребует, чтобы сайт создавал новый сеанс для каждой посещаемой страницы, что замедляет работу системы до неприемлемого уровня.
Что сохраняется в файле cookie?
Этот сайт не хранит ничего, кроме автоматически сгенерированного идентификатора сеанса в cookie; никакая другая информация не фиксируется.
Как правило, в файлах cookie может храниться только информация, которую вы предоставляете, или выбор, который вы делаете при посещении веб-сайта. Например, сайт не может определить ваше имя электронной почты, пока вы не введете его. Разрешение веб-сайту создавать файлы cookie не дает этому или любому другому сайту доступа к остальной части вашего компьютера, и только сайт, который создал файл cookie, может его прочитать.
Профилирование убиквитинирования определяет факторы чувствительности к лечению антагонистами IAP | Biochemical Journal
Уклонение от гибели клеток — одна из важнейших способностей, приобретаемых опухолевыми клетками для предотвращения противоопухолевой терапии, и представляет собой фундаментальную проблему для поддержания клинической эффективности доступных в настоящее время агентов.Белки-ингибиторы апоптоза (IAP) используют свою активность лигазы убиквитина E3 для повышения выживаемости раковых клеток, опосредуя пролиферативную передачу сигналов и блокируя гибель клеток в ответ на различные стимулы. Используя иммуноаффинное обогащение и MS, сайты убиквитинирования на тысячах белков были профилированы при инициации гибели клеток антагонистами IAP в линиях клеток рака молочной железы, чувствительных к антагонистам и устойчивых к IAP. Наши анализы идентифицировали сотни белков с повышенными уровнями убиквитин-остатков [K-GG (Lys-Gly-Gly)] пептидов после активации гибели клеток антагонистом IAP BV6.Большинство из них наблюдались в BV6-чувствительных, но не устойчивых клетках. Среди них были известные проапоптотические регуляторы, включая CYC (цитохром c ), RIP1 (рецептор-взаимодействующий белок 1) и набор белков, которые, как известно, находятся в митохондриях или регулируют передачу сигналов NF-κB (ядерный фактор κB). Анализ ранних временных точек показал, что лечение антагонистом IAP стимулировало быстрое убиквитинирование сигнальных белков NF-κB, включая TRAF2 [фактор 2, связанный с рецептором TNF (фактора некроза опухоли)], HOIL-1 (окисленный гемом железо-регуляторный белок 2 убиквитин.