| № | Синоним | Исходная форма | Начальная форма | Частота |
|---|---|---|---|---|
| 1 | сказавший (97) | сказавшие | сказать | 2396.6 |
| 2 | пославший (73) | пославшие | послать | 73.3 |
| 3 | сказавшийся (21) | сказавшиеся | сказаться | 18.3 |
| 4 | обнаружившийся (67) | обнаружившиеся | обнаружиться | 16.8 |
| 5 | высказавшийся (36) | высказавшиеся | высказаться | 16.7 |
| 6 | проявившийся (38) | проявившиеся | проявиться | 15.1 |
| 7 | отразившийся (19) | отразившиеся | отразиться | 14.4 |
| 8 | прорвавшийся (31) | прорвавшиеся | прорваться | 13.5 |
| 9 | выругавшийся (25) | выругавшиеся | выругаться | 7.9 |
| 10 | вылившийся (26) | вылившиеся | вылиться | 5.8 |
| 11 | воплотившийся (21) | воплотившиеся | воплотиться | 4.2 |
| 12 | передавшийся (35) | передавшиеся | передаться | 2.9 |
| 13 | сведшийся (27) | сведшиеся | свестись | 2.6 |
| 14 | материализовавшийся (32) | материализовавшиеся | материализоваться | 2.4 |
| 15 | отпечатавшийся (19) | отпечатавшиеся | отпечататься | 1.9 |
| 16 | запечатлевшийся (28) | запечатлевшиеся | запечатлеться | 1.7 |
| 17 | чертыхнувшийся (8) | чертыхнувшиеся | чертыхнуться | 1.5 |
| 18 | заявивший о себе (9) | заявить о себе | 1.01335 | |
| 19 | ругнувшийся (20) | ругнувшиеся | ругнуться | 0.9 |
| 20 | выматерившийся (20) | выматерившиеся | выматериться https://sinonim.org/ | 0.7 |
| 21 | вспомнивший родителей (18) | вспомнить родителей | 0.54235 | |
| 22 | матерно выразившийся (18) | матерно выразиться | 0.4104 | |
| 23 | изобразившийся (27) | изобразившиеся | изобразиться | 0.4 |
| 24 | запустивший трехэтажного (16) | запустить трехэтажного | 0.2805 | |
| 25 | выразившийся нецензурными словами (18) | выразиться нецензурными словами | 0.2572 | |
| 26 | прошедшийся по матери (17) | 0.21065 | ||
| 27 | выразившийся нецензурно (18) | выразиться нецензурно | 0.2052 | |
| 28 | выразившийся по матери (18) | выразиться по матери | 0.1705 | |
| 29 | показавший себя (28) | показать себя | 0.14055 | |
| 30 | нашедший выражение (9) | 0.1075 | ||
| 31 | выругавшийся матом (22) | выругаться матом | 0.0467 | |
| 32 | давший себя знать (9) | дать себя знать | 0.00385 | |
| 33 | выказавшийся (37) | выказавшиеся | выказаться | — |
| 34 | эксплицировавшийся (2) | эксплицировавшиеся | эксплицировавшийся | — |
| 35 | матюгнувшийся (20) | матюгнувшиеся | матюгнуться | — |
| 36 | послать (97) | пославшие | — | |
| 37 | самовыразившийся (2) | самовыразившиеся | самовыразиться | — |
| 38 | матюкнувшийся (18) | матюкнувшиеся | матюкнуться | — |
| 39 | обругавшийся (21) | обругавшиеся | обругаться | — |
| 40 | изъяснившийся (6) | изъяснившиеся | изъясниться https://sinonim.org/ | — |
| 41 | отпечатлевшийся (13) | отпечатлевшиеся | отпечатлеться | — |
| 42 | сформулировавшийся (4) | сформулировавшиеся | сформулироваться | — |
| 43 | овеществившийся (4) | овеществившиеся | овеществиться | — |
| 44 | выбранившийся (21) | выбранившиеся | выбраниться | — |
Решение: 201700100161000164 — Центральный аппарат ФАС России
Федеральная антимонопольная служба (далее — ФАС России) рассмотрела в пределах своей компетенции обращение ООО «УСК «Сибиряк» от 19.01.2017 (далее – Обращение), содержащее информацию о признаках нарушения законодательства Российской Федерации о контрактной системе в сфере закупок в действиях КГКУ «Управление капитального строительства» (далее — Заказчик), Агентства государственного заказа Красноярского края (далее — Уполномоченный орган) при проведении электронного аукциона на право заключения государственного контракта на выполнение комплекса строительно-монтажных и пусконаладочных работ с приобретением оборудования по объекту «Реконструкция КГБУЗ «Краевая клиническая больница», г. Красноярск» (номер извещения 0119200000116007281) (далее – Аукцион), и сообщает следующее.
Комиссией Федеральной антимонопольной службы по контролю в сфере закупок (далее – Комиссия) по указанному Аукциону на основании жалобы
ООО «Крас-тендер» (далее – Жалоба) на действия Заказчика, Уполномоченного органа, ранее проведена в соответствии с пунктом 1 части 15 статьи 99 Федерального закона от 05.04.2013 № 44-ФЗ «О контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд» (далее – Закон о контрактной системе) внеплановая проверка действий Заказчика, Уполномоченного органа при проведении Аукциона.
В результате рассмотрения Жалобы Комиссия вынесла решение от 19.01.2017 № К–47/17 о признании в действиях Заказчика, Уполномоченного органа нарушений пункта 2 части 1 статьи 64 Закона о контрактной системе выразившимся в установлении ненадлежащих требований к содержанию первой части заявки на участие в Аукционе, а также нарушение части 6 статьи 63 Закона о контрактной системе выразившимся в установлении ненадлежащего срока окончания подачи заявок на участие в Аукционе.
Кроме того, в действиях Аукционной комиссии выявлено нарушение части 5 статьи 67 Закона о контрактной системе, выразившемся в неправомерном принятии решения о несоответствии заявки с порядковым номером «2» требованиям документации об Аукционе по результатам рассмотрения первых частей заявок на участие в Аукционе.
В связи с чем, Заказчику, Уполномоченному органу, Оператору электронной площадки, Аукционной комиссии выдано предписание об устранении нарушения Закона о контрактной системе.
Указанное решение Комиссии от 19.01.2017 по делу № К–47/17, размещено в соответствии с частью 8 статьи 106 Закона о контрактной системе в единой информационной системе в сфере закупок www.zakupki.gov.ru в реестре жалоб, плановых и внеплановых проверок, их результатов и выданных предписаний.
| В соответствии со ст. 53 ТК РБ, для работников устанавливаются следующие обязанности: 1) добросовестно исполнять свои трудовые обязанности, в том числе выполнять установленные нормы труда; 2) подчиняться правилам внутреннего трудового распорядка, иным документам, регламентирующим вопросы дисциплины труда, выполнять письменные и устные приказы (распоряжения) нанимателя, не противоречащие законодательству и локальным нормативным правовым актам; 3) не допускать действий, препятствующих другим работникам выполнять их трудовые обязанности; 4) обеспечивать соблюдение установленных требований к качеству производимой продукции, выполняемых работ, оказываемых услуг, не допускать брака в работе, соблюдать технологическую дисциплину; 5) соблюдать установленные нормативными правовыми актами требования по охране труда и безопасному ведению работ, пользоваться средствами индивидуальной защиты; 6) бережно относиться к имуществу нанимателя, принимать меры к предотвращению ущерба; 8) поддерживать свое рабочее место, оборудование и приспособления в исправном состоянии, порядке и чистоте; 9) соблюдать установленный порядок хранения документов, материальных и денежных ценностей; 10) хранить государственную и служебную тайну, не разглашать без соответствующего разрешения коммерческую тайну нанимателя; 11) исполнять иные обязанности, вытекающие из законодательства, локальных нормативных правовых актов и трудового договора. За неисполнение или ненадлежащее исполнение своих обязанностей работники несут ответственность, предусмотренную настоящим Кодексом и иными законодательными актами. Согласно ст. 197 ТК, за противоправное, виновное неисполнение или ненадлежащее исполнение работником своих трудовых обязанностей (дисциплинарный проступок) устанавливается дисциплинарная ответственность (статьи 198–204). За совершение дисциплинарного проступка наниматель может применить к работнику следующие меры дисциплинарного взыскания: 1) замечание; 2) выговор; 3) увольнение (пункты 4, 5, 7, 8 и 9 статьи 42, пункт 1 статьи 47). Для отдельных категорий работников с особым характером труда могут предусматриваться также и другие меры дисциплинарного взыскания (статья 204). Право выбора меры дисциплинарного взыскания принадлежит нанимателю. При выборе меры дисциплинарного взыскания должны учитываться тяжесть дисциплинарного проступка, обстоятельства, при которых он совершен, предшествующая работа и поведение работника на производстве. К работникам, совершившим дисциплинарный проступок, независимо от применения мер дисциплинарного взыскания могут применяться: лишение премий, изменение времени предоставления трудового отпуска и другие меры. Виды и порядок применения этих мер определяются правилами внутреннего трудового распорядка, коллективным договором, соглашением, иными локальными нормативными правовыми актами. _____________ № ______ (дата) г.Минск О наложении дисциплинарного взыскания В связи с нарушением механиком Ивановым И.И. Инструкции о мерах пожарной безопасности, выразившемся в курении на складе ГСМ, что является нарушением трудовой дисциплины и правил внутреннего трудового распорядка, ставящим под угрозу пожарную безопасность на предприятии, жизнь и здоровье сотрудников предприятия, ПРИКАЗЫВАЮ: Основание: 1. Докладная записка П.П.Петрова от «___» _________ 200_ г. Директор ____________________ _______________________ С приказом ознакомлен |
Самосуд — информация по судебному делу
Дело №
Судья Дадаева П.А.
К А С С А Ц И О Н Н О Е О П Р Е Д Е Л Е Н И Е
г. Махачкала 9 апреля 2012 года
Судебная коллегия по уголовным делам Верховного суда РД в составе:
Председательствующего — Гимбатова А.Р.
судей – Магомедрасулова К.Т. и Курбанова М.М.
при секретаре — Алишаеве А.
рассмотрела в открытом судебном заседании частную жалобу осужденного Исмаилова И.Х. на постановление Ленинского районного суда РД от 17 февраля 2012 года, которым оставлено без рассмотрения по существу жалобу Исмаилова И.Х. в порядке ст. 125 УПК РФ.
Исмаилов И. Х. обратился в суд с жалобой в порядке ст. 125 УПК РФ на бездействие руководителя СУ при УВД г. Краснодар Краснодарского края, выразившемся в не рассмотрении его заявления и не принятии по его обращению процессуального документа в виде постановления.
Заслушав доклад судьи О , объяснение адвоката А в интересах заявителя Р об удовлетворении доводов кассационной жалобы, мнение прокурора П об оставлении постановления судьи без изменения, Судебная коллегия
У С Т А Н О В И Л А:
В кассационной жалобе гр. Р И. Х. просит постановление судьи отменить, как незаконное и не обоснованное. Указывает, что в нарушении требований ч.1 ст.125 УПК РФ суд, закрыл ему доступ к правосудию, выразившимся в том, что по существу не рассмотрел жалобу на незаконные действия следователя и руководителя следственного подразделения. СУ при УВД <адрес> . Так же считает, что судом нарушены требования ст. 152 УПК РФ уголовное дело должно было бы расследоваться по месту совершения преступления, т.е. по месту обнаружения 10 патронов к ПМ калибра 9 мм. по <адрес> г. Махачкалы ( <адрес> г. Махачкалы.)
Проверив материалы уголовного дела и обсудив доводы кассационной жалобы, судебная коллегия находит постановление судьи законным и обоснованным.
Как следует из представленных материалов, Р И.Х. подал в порядке ч.1 статьи 125 УПК Российской Федерации жалобу на действия и решения должностных лиц, осуществлявших полномочия по уголовному преследованию, не в районный суд по месту производства предварительного расследования, а в Ленинский районный суд г. Махачкалы, который возвратил ее без рассмотрения с указанием на то, что не соблюдена установленная частью первой статьи 125 УПК Российской Федерации подсудность.
Как неоднократно указывал в своих решениях Конституционный Суд Российской Федерации, Конституция Российской Федерации , гарантируя каждому право на судебную защиту его прав и свобод и на судебное обжалование решений органов государственной власти, в том числе судебной (статья 46, части 1 и 2), непосредственно не устанавливает какой-либо определенный порядок судебной проверки судебных решений по жалобам заинтересованных лиц; данное конституционное право не предполагает возможность для гражданина по собственному усмотрению выбирать способ и процедуру судебного оспаривания, — они определяются законами на основе Конституции Российской Федерации , ее статей 46, 123 и 128 (определения от <дата> N 6-О, от <дата> N 151-О, от <дата> N 911-О-О).
Формально оспаривая часть первую статьи 354 и часть первую ст.125 УПК Российской Федерации, предусматривающую, что в соответствии с требованиями главы 43 УПК Российской Федерации судебные решения, не вступившие в законную силу, могут быть обжалованы сторонами в апелляционном или кассационном порядке, заявитель, по сути, пытается преодолеть установленную уголовно-процессуальным законом подсудность дел об обжаловании действий и решений органов и должностных лиц, осуществляющих полномочия по уголовному преследованию (которая заявителем не была соблюдена).
Довод жалобы о том, что суд <адрес> г. Махачкалы по существу не принял и не рассмотрел жалобу Р на бездействие руководителя СУ и следователя СУ при УВД <адрес> карая, судебная коллегия находит несостоятельным, поскольку она подана на бездействие следователя и начальника СУ УВД <адрес> края, т.е. не по месту проведения предварительного следствия, как это требует УПК РФ.
Соответственно, нет оснований для вывода о том, что данной нормой были нарушены конституционные права заявителя, а потому его жалоба, как не отвечающая ч.1 ст125 УПК, не могла быть удовлетворена судом.
Исходя из изложенного и руководствуясь ст.377,378 и 388 УПК РФ.
определила:
постановление Ленинского районного суда г. Махачкалы от <дата> о возврате жалобы Р о признании незаконным бездействия руководителя СУ при УВД по <адрес> края и решения прокурора <адрес> обязании устранить допущенные нарушения оставить без изменения, — кассационную жалобу Р без удовлетворения.
Председательствующий
Судьи
38000/03 — Архив судебных решений
РЕШЕНИЕ
от 11 февраля 2004 года Дело N А56-38000/03
[Так как деятельность ответчика не нарушает установленные нормы и не
противоречит действующему законодательству, у суда нет оснований для
его ликвидации в соответствии со ст.61 ГК РФ по иску налогового органа]
(Извлечение)
Арбитражный суд г.Санкт-Петербурга и Ленинградской области рассмотрел в судебном заседании дело по иску Межрайонной ИМНС России N 8 по СПб к ООО «УниПлаС» о ликвидации предприятия, установил:
Истцом заявлено требование о ликвидации ответчика в связи с нарушением им ФЗ «О государственной регистрации юридических лиц».
В судебном заседании, состоявшемся 03.12.2003, ответчиком было заявлено ходатайство о привлечении к участию в деле в качестве свидетеля В-нян Н.
Ходатайство судом удовлетворено в порядке ст.56 АПК РФ.
Истец считает заявленные требования обоснованными, ссылаясь на предоставление ответчиком в ИМНС недостоверных сведений о составе участников общества.
Ответчик возражает против ликвидации, утверждая, что организация действующая и у ИМНС нет оснований для ликвидации предприятия.
В соответствии с п.4 ст.137 АПК РФ, предварительное судебное заседание завершено, суд при отсутствии возражений сторон, перешел к слушанию спора по существу.
Рассмотрев материалы дела, заслушав представителей сторон, суд установил, что:
ООО «УниПлаС» первоначально зарегистрировано решением регистрационной палаты 28.05.2001 N 152102.
Истец обратился с требованием о ликвидации предприятия, ссылаясь на то, что ООО «УниПлаС» предоставило недостоверные сведения, необходимые для включения в государственный реестр юридических лиц, чем нарушило требования, предусмотренные п.п.1, 2 ст.25 ФЗ «О государственной регистрации юридических лиц» от 08.08.2001 N 129-ФЗ.
В своем заявлении истец ссылается на решение N 1 от 17.05.2001 об утверждении ООО «УниПлаС», из которого следует, что единственным учредителем ООО «УниПлаС» является В-нян Н., тогда как, из объяснения В-нян Н., принятого старшим лейтенантом милиции Е-ым М. от 09.09.2003, следует, что В-нян Н. не имеет отношения к ООО «УниПлаС» и не располагает сведениями о деятельности данной организации.
Из пояснений свидетеля В-ян Н. следует, что на момент образования ООО «УниПлаС» она действительно являлась единственным учредителем данной организации, ложные показания органам милиции были даны из соображений личной безопасности.
Из пояснений представителя ответчика следует, что 19.09.2003 доля в обществе в размере 100% была передана Б-ву В. на основании договора купли-продажи N 04/2003.
02.10.2003 ИМНС по Адмиралтейскому р-ну СПб были зарегистрированы изменения в устав ООО «УниПлаС» и выдано свидетельство о внесении записи в Единый государственный реестр юридических лиц.
Таким образом, нарушения, допущенные при первоначальной регистрации ООО «УниПлаС», устранены и у истца нет оснований для ликвидации предприятия. Кроме того, ООО «УниПлаС» ведется деятельность, регулярно сдается налоговая отчетность и организация не имеет задолженности по налогам и иным обязательным платежам.
Представитель ИМНС согласился с тем, что ответчиком систематически сдается в ИМНС вся документация, необходимая для уплаты налогов.
В соответствии со ст.61 ГК РФ ликвидация юридического лица может быть осуществлена в случае признания судом недействительной его регистрации, в случае допущенных при его создании грубых нарушений закона, если эти нарушения носят неустранимый характер, либо деятельность организации осуществляется без надлежащего разрешения, либо запрещена законом, либо с иными неоднократными или грубыми нарушениями закона или иных правовых актов или в иных случаях, предусмотренных законом.
В данном случае судом установлено, что деятельность ООО «УниПлаС» не нарушает установленные нормы и не противоречит действующему законодательству, в связи с чем нет оснований для ликвидации ООО «УниПлаС».
Руководствуясь ст.ст.167-170 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации, арбитражный суд решил:
В иске отказать.
На решение может быть подана апелляционная жалоба в арбитражный суд апелляционной инстанции в течение месяца со дня принятия решения.
Судья
…
Текст документа сверен по:
рассылка
ПОСТАНОВЛЕНИЕ
от 21 апреля 2004 года Дело N А56-38000/03
[Обжалуемое решение, которым суд отказал ИМНС в удовлетворении иска о ликвидации
ответчика ввиду устранения им нарушений, допущенных при регистрации общества,
оставлено без изменения]
(Извлечение)
Арбитражный суд г.Санкт-Петербурга и Ленинградской области рассмотрел в судебном заседании апелляционную жалобу Межрайонной ИМНС России N 8 по Санкт-Петербургу на решение Арбитражного суда Санкт-Петербурга и Ленинградской области от 11 февраля 2004 года по делу N А56-38000/03, принятое по заявлению Межрайонной ИМНС России N 8 по Санкт-Петербургу к ООО «УниПлаС» о ликвидации предприятия, установил:
Межрайонная ИМНС России N 8 по Санкт-Петербургу обратилась в арбитражный суд с иском о ликвидации ООО «УниПлаС» в связи с нарушением Закона РФ «О государственной регистрации юридических лиц», выразившимся в представлении недостоверных сведений при регистрации вновь созданного юридического лица.
Решением арбитражного суда от 11.02.2004 в иске отказано ввиду устранения нарушений, допущенных при регистрации ООО «УниПлаС».
В апелляционной жалобе истец просит решение отменить, указав следующее.
В рамках выездной налоговой проверки с 27.08.2003 по 09.10.2003 по вопросу правильности начисления и уплаты в бюджет налогов было выяснено, что обществом до 2001 года были предоставлены недостоверные сведения в отношении учредителей, в связи с чем контракты от лица общества были подписаны неуполномоченным лицом — генеральным директором Б-вым В., назначенным В-ян Н, то есть лицом, не являющимся учредителем общества.
Данные нарушения закона являются грубыми и носят неустранимый характер, в связи с чем иск о ликвидации общества подлежит удовлетворению.
Ответчик возражает против удовлетворения апелляционной жалобы.
Проверив законность и обоснованность решения арбитражного суда, апелляционная инстанция не находит оснований для его отмены.
Как следует из материалов дела, ООО «УниПлаС» зарегистрировано Регистрационной палатой Санкт-Петербурга 28 мая 2001 года за N 152102 на основании документов, подписанных единственным учредителем общества В-нян Н.
С учетом письменных объяснений В-ян Н. от 09.09.2003 о том, что она не является учредителем ООО «УниПлаС», принятых ст. лейтенантом милиции Е-ым М., налоговая инспекция пришла к выводу о недостоверности сведений о составе учредителей общества при его регистрации и на основании ст.61 Гражданского кодекса Российской Федерации, ст.25 ФЗ «О государственной регистрации юридических лиц» обратилась с настоящим иском.
На основании показаний свидетеля В-ян Н., полученных судом первой инстанции в установленном порядке, следует считать установленным то обстоятельство, что на момент государственной регистрации ООО «УниПлаС» гражданка В-ян Н. являлась единственным учредителем общества.
Таким образом, довод истца и подателя апелляционной жалобы о недостоверности сведений, предоставленных при осуществлении государственной регистрации, и соответственно о допущенных при создании общества нарушениях опровергается надлежащими доказательствами, полученными в соответствии с требованиями Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации (ст.64 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации), в то время как представленные истцом в материалы дела письменные объяснения от 09.09.2003 (л.д.6) таковыми доказательствами не являются.
Кроме того, как установлено судом первой инстанции, дальнейшие изменения в составе учредителей общества были зарегистрированы в установленном порядке 02.10.2003, в связи с чем даже если при создании общества и были допущены нарушения, на момент обращения с настоящим иском они были устранены.
ООО «УниПлаС» ведется деятельность, регулярно сдается налоговая отчетность.
Суд первой инстанции обоснованно отказал в удовлетворении иска налогового органа о ликвидации ответчика.
Руководствуясь ст.ст.269-271 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации, суд апелляционной инстанции постановил:
Решение арбитражного суда от 11.02.2004 оставить без изменения, апелляционную жалобу — без удовлетворения.
Постановление может быть обжаловано в арбитражный суд кассационной инстанции.
Председательствующий
…
Судьи
…
Текст документа сверен по:
рассылка
ФЕДЕРАЛЬНЫЙ АРБИТРАЖНЫЙ СУД СЕВЕРО-ЗАПАДНОГО ОКРУГА
ПОСТАНОВЛЕНИЕ
от 2 августа 2004 года Дело N А56-38000/03
[Суд обоснованно отказал ИМНС в иске о ликвидации общества в связи с нарушением Закона РФ «О государственной регистрации», выразившемся в представлении недостоверных сведений при регистрации вновь созданного юридического лица, поскольку порядок и условия получения представленных доказательств, не соответствуют закону]
(Извлечение)
Федеральный арбитражный суд Северо-Западного округа в составе: …, при участии: …, рассмотрев 28.07.2004 в открытом судебном заседании кассационную жалобу Межрайонной инспекции Министерства Российской Федерации по налогам и сборам N 8 по Санкт-Петербургу на решение от 11.02.2004 (судья …) и постановление апелляционной инстанции от 21.04.2004 (судьи:…) Арбитражного суда города Санкт-Петербурга и Ленинградской области по делу А56-38000/03, установил:
Межрайонная инспекция Министерства Российской Федерации по налогам и сборам N 8 по Санкт-Петербургу (далее — Инспекция) обратилась в Арбитражный суд города Санкт-Петербурга и Ленинградской области с заявлением о ликвидации общества с ограниченной ответственностью «УниПлаС» (далее — ООО «УниПлаС») в связи с нарушением Закона Российской Федерации от 08.08.2001 N 129-ФЗ «О государственной регистрации юридических лиц» (далее — Закон), выразившемся в представлении недостоверных сведений при регистрации вновь созданного юридического лица.
Решением от 11.02.2004, оставленным без изменения постановлением апелляционной инстанции от 21.04.2004, в удовлетворении заявленного требования отказано.
В кассационной жалобе Инспекция просит указанные судебные акты отменить в связи с неправильным применением судом норм материального права и неполным выяснением обстоятельств, имеющих значение для дела. По мнению подателя жалобы, в рамках выездной налоговой проверки с 27.08.2003 по 09.10.2003 по вопросу правильности начисления и уплаты в бюджет налогов было выяснено, что ООО «УниПлаС» до 2001 года предоставило недостоверные сведения об учредителях, в связи с чем контракты от имени ООО «УниПлаС» были подписаны неуполномоченным лицом — генеральным директором Б-вым В., назначенным В-нян Н., не являющейся учредителем ООО «УниПлаС».
В судебном заседании представитель Инспекции поддержал жалобу, ссылаясь на изложенные в ней доводы. Представитель ООО «УниПлаС» возражал против жалобы, полагая, что доводы жалобы необоснованны.
Законность обжалуемого судебного акта проверена в кассационном порядке.
В соответствии с пунктом 2 статьи 61 Гражданского кодекса Российской Федерации юридическое лицо может быть ликвидировано по решению суда в случае допущенных при его создании грубых нарушений закона, если эти нарушения носят неустранимый характер, либо осуществления деятельности без надлежащего разрешения (лицензии), либо деятельности, запрещенной законом, либо иными неоднократными или грубыми нарушениями закона или иных правовых актов, либо при систематическом осуществлении общественной или религиозной организацией (объединением), благотворительным или иным фондом деятельности, противоречащей его уставным целям, а также в иных случаях, предусмотренных названным Кодексом.
В обоснование требования о ликвидации ООО «УниПлаС» Инспекция сослалась на представление ответчиком необходимых для включения в государственный реестр недостоверных сведений, ссылаясь на объяснение В-нян Н. от 09.09.2003 (л.д.6), которая согласно представленным в Инспекцию документам является учредителем ООО «УниПлаС», о том, что не была и не является его учредителем.
На основании полно и объективно исследованных доказательств, имеющихся в материалах дела, суд сделал правильный вывод о неправомерности заявленного требования. Суд обоснованно не принял во внимание объяснения В-нян Н. от 09.09.2003 в качестве доказательства, поскольку порядок и условия их получения не соответствуют установленным законом. В суде первой инстанции В-нян Н. не подтвердила упомянутые объяснения.
Кроме того, судом установлено, что состав учредителей ООО «УниПлаС» изменился и изменения, внесенные в связи с этим в учредительные документы, зарегистрированы в установленном законом порядке 02.10.2003, то есть после предъявления данного требования.
Таким образом, суд сделал обоснованный вывод об отсутствии предусмотренных законом оснований для ликвидации ООО «УниПлаС».
Обжалуемые судебные акты приняты в соответствии с нормами материального и процессуального права, следовательно, основания для их отмены отсутствуют.
Руководствуясь статьями 286, 287, 289 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации, Федеральный арбитражный суд Северо-Западного округа постановил:
Решение от 11.02.2004 и постановление апелляционной инстанции от 21.04.2004 Арбитражного суда города Санкт-Петербурга и Ленинградской области по делу N А56-38000/03 оставить без изменения, а кассационную жалобу Межрайонной инспекции Министерства Российской Федерации по налогам и сборам N 8 по Санкт-Петербургу — без удовлетворения.
Председательствующий
…
Судьи:
…
Текст документа сверен по:
рассылка
Случай развития языка или ошибка?
Если что-то выражено, это явно? Ох уж эти сложности с английским.
Сенатор-республиканец США Джон Кил в этом месяце заявил, что 90 процентов мероприятий по программе «Планируемое отцовство» связано с абортами. Оказалось, что цифра ближе к 3 процентам. Когда репортеры оспорили это несоответствие, пресс-секретарь Кайла ответил, что фигура Кайла «не предназначена для утверждения фактов».
Комедианты отлично провели время.На The Colbert Report Стивен Колберт попросил зрителей предложить нелепые заявления, которые могли бы быть сделаны в отношении самого Кайла, с последующим отказом от ответственности, что они «не предназначены для того, чтобы быть фактическим заявлением». Среди ответов: что Джон Кил ретранслирует игры Национальной футбольной лиги «без явного письменного разрешения» НФЛ.
История продолжается под рекламой
В НФЛ используется более точная фраза «явное письменное разрешение», так же как на сайте фирмы Taxwiz оговаривается, что никакая его часть не может быть воспроизведена без письменного разрешения Taxwiz Accounting & Consulting. Inc.»Прилагательное express появилось в английском языке в 1300-х годах, заимствовано из старофранцузского expres , из латинского expressus (отчетливо представлено), причастия прошедшего времени exprimere ( ex означает вне и primere означает пресс) . С самого начала прилагательное означало определенное и безошибочное. Прямое письменное разрешение означает явно предоставленное письменное разрешение.Чтобы выразить, от exprimere посредством средневекового латинского expressare (также выдавить), значит выразить словами. В отличие от явного разрешения, выраженное разрешение может быть просто подразумеваемым, поэтому в одном из разделов длинного отказа от ответственности в Высшей лиге бейсбола говорится, что оно не дает никаких гарантий, «явных или подразумеваемых». Высказанное может даже замаскировать ложь: посетители выразили намерение проверить проводку дома, но на самом деле они закрывали стык.
Это не для того, чтобы выделить зрителя Кольбера.Он или она не изобрели «выраженную» вариацию. Эти две фразы обсуждали уже много лет. В то время как Высшая лига бейсбола известна тем, что требует «явного письменного согласия», например, на YouTube несколько видеороликов из телевизионных репортажей о бейсболе озаглавлены «Сделано без явного письменного согласия Высшей бейсбольной лиги».
Это случай развития языка или это ошибка? Один писатель, который ведет счет, — Брайан А. Гарнер, автор книги «Современное американское использование » Гарнера.Основываясь на статье 1967 года Луи Г. Хеллера и Джеймса Макриса в журнале American Speech, он отнес спорные слова и фразы к одной из пяти категорий. На этапе 1 форму отклоняют практически все. На пятой стадии это общепринято («не считая псевдослутовских чудаков»).
Например, он помещает отвратительную фразу «мог бы меньше беспокоить» (полученная из более логичного «неважно меньше») на ступень 3: обычное дело даже среди хорошо образованных людей, но «все же избегаемое при осторожном использовании».»Причина в том, что» замена «причина в том, что» добралась до стадии 4: практически универсальная, но «противостоящая на убедительных основаниях нескольким лингвистическим стойким приверженцам (упрямым соплякам)».
На стадии 5 стоит поговорка: «Ты не можешь получить свой пирог и съесть его» — в отличие от «первоначальной и более логичной последовательности веков назад: ты не можешь съесть свой торт и съесть его».
«Выражено неправильное употребление слова «экспресс» «охлаждает пятки на стадии 2: широко избегается, хотя и распространилось» на значительную часть языкового сообщества.«Он разделяет этот этап с использованием выпускников и критериев, как если бы они были единичными, и заменой« между вами и мной »на« между вами и мной ».
История продолжается под рекламой
Среди тех, кто переведен на этап 1 «затаившееся дыхание» вместо «затаившегося дыхания» (сокращенно от «замедленного») и «эспрессо», неправильное написание слова «эспрессо». Эспрессо (сокращение от итальянского caffé espresso ) относится к пропусканию пара через кофе под высоким давлением и происходит от Да, средневековое латинское слово, которое означало «выдавить»: expressare .Иногда место отмечает es, а не ex. Ох уж эти сложности с английским.
Блог о граммарфобии: как выражается разрешение
Q: Меня беспокоит, что форма гласит: «Подписывая это, вы даете нам прямое разрешение на использование вашей информации». Разве это не должно быть «выраженное разрешение»?
A: В современном английском языке обычно дают «явное разрешение», а не «выраженное разрешение».
Мы проверили шесть стандартных словарей, и ни в одном из них не было употребления причастия прошедшего времени, «выраженного» в этом смысле.Фактически, Garner’s Modern English Usage (4-е изд.) Описывает это как неправильное использование.
Во всех шести словарях есть записи для прилагательного «экспресс», используемого в транспорте («экспресс») и почте («экспресс-письмо»), а также значение, о котором вы спрашиваете, и связанный с ним смысл.
Оксфордские словари онлайн, например, включает эти два прилагательных:
(1) «Определенно сказано, а не просто подразумевается: это было его явным желанием, чтобы празднование продолжалось .”
(2) «Точно и конкретно идентифицировано, исключая все остальное: школ были основаны специально для обучения глухих детей ».
В вашем примере («Подписывая это, вы даете нам свое явное разрешение на использование вашей информации») слово «экспресс» используется в смысле № 1, чтобы обозначать определенный или явный.
Хотя «выраженный» иногда используется в этом смысле, согласно нашим поисковым запросам в Интернете, в подавляющем большинстве случаев предпочтение отдается «экспресс».Вот таблица показателей Google: «явное разрешение», более 3,3 миллиона обращений; «Выраженное разрешение» — 356 000 человек.
Оксфордский словарь английского языка (исторический словарь, отдельный от Оксфордских словарей онлайн) действительно включает использование прилагательного слова «выраженный» для обозначения «выражать», но его последнее упоминание относится к началу 1700-х годов.
Когда прилагательное «экспресс» появилось в письменном английском в 1300-х годах (за два столетия до использования прилагательного «выраженный»), оно означало явное или определенное, согласно цитатам в OED .
Первые два примера словаря взяты из «Пролога жены Бата» в Кентерберийских рассказах (около 1386 г.). Вот один из них:
«Где вы можете видеть в любом возрасте / Кого выше Бог защищал брак / Словом?»
А это юридический пример 1765 года из Комментариев к законам Англии Уильяма Блэкстоуна: «Экспресс-контракты — это условия, в которых условия соглашения открыто произносятся и объявляются во время заключения.”
И, наконец, вот пример 1877 года из The American Commonwealth Джеймса Брайса: «Иногда выражением, чаще молчаливым пониманием».
Помогите поддержать блог Grammarphobia своим пожертвованием .
И посмотрите наши книги об английском языке.
Определение для изучающих английский язык из Словаря учащихся Merriam-Webster
1 выражать / ɪkˈsprɛs / глаголвыражает; выраженный; выражая
выражает; выраженный; выражая
Определение EXPRESS для учащихся
[+ объект]
1 : говорить или писать (то, что вы думаете или чувствуете)He выразил интерес к встрече с ней.
Мы, , выразили (им) наших мыслей / чувств / взглядов по этому поводу.
Она выразила удивление по поводу его грубого поведения.
Ее любовь к природе выражена [= показано, отражено ] в ее картинах / музыке.
Слова не могут (даже начать) выразить, насколько я благодарен.
Результат может быть выражен в процентах.
Длина, выраженная в сантиметрах, равна 29.
самовыражаться
чувств : стать известным или увиденным в результате определенного действиявыразите себя
: сказать или показать свои мысли и чувстваЕму трудно выразить себя .
Она чувствовала, что неправильно выразилась .
Он выразил себя в песне.
— выразительный
/ ɪkˈsprɛsəbəl / прилагательное2 выражать / ɪkˈsprɛs / прилагательное
2 выражать
/ ɪkˈsprɛs /
прилагательное
Определение EXPRESS для учащихся
всегда используется перед существительным
1 : сказано или дано ясно 3 : ехать на высокой скорости с несколькими остановками — сравнить 1 местное 2 b : доставлено быстрее, чем обычно с : разработан или предназначен для использования для быстрого передвижения или путешествий3 выражать / ɪkˈsprɛs / имя существительное
множественное число выражает
3 выражать
/ ɪkˈsprɛs /
существительное
множественное число выражает
Определение EXPRESS для учащихся
1 [noncount] : система для быстрой доставки вещей (например, писем и пакетов) 2 [считать] : поезд или автобус, который едет быстро с несколькими остановками — сравнить 2 местное 14 выражать / ɪkˈsprɛs / наречие
4 выражать
/ ɪkˈsprɛs /
наречие
Определение EXPRESS для учащихся
: системой, которая быстро доставляет письма и посылки : экспрессЧто такое явные и подразумеваемые гарантии?
На большинство потребительских покупок распространяется гарантия, даже если это явно не указано.Два основных типа — это экспресс и подразумеваемые гарантии . Явная гарантия — это гарантия, которая четко заявлена (или «выражена») в устной или письменной форме, в то время как подразумеваемая гарантия автоматически распространяется на большинство потребительских товаров, стоимость которых превышает определенную сумму, но обеспечивает только базовый уровень защиты потребителей.
Следующая информация служит в качестве основы для этих двух различных типов гарантий. См. Разделы «Основы потребительской гарантии», «Что означает« Caveat Emptor »?» И «Что приведет к аннулированию гарантии?» Больше подробностей.
Экспресс-гарантии
Экспресс-гарантия может иметь несколько различных форм, как в устной, так и в письменной форме, и по сути является гарантией того, что продукт будет соответствовать определенному уровню качества и надежности. Если продукт не работает в этом отношении, производитель исправит или заменит продукт без дополнительной оплаты. Многие такие гарантии напечатаны на упаковке продукта или доступны в качестве опции.
Устная явная гарантия может быть такой же простой, как если бы автомобильный дилер сказал покупателю: «Я гарантирую, что этот двигатель прослужит еще 100 000 миль.«Если автомобиль не соответствует этому требованию, покупатель может обсудить это с продавцом (хотя доказать наличие устной гарантии очень сложно).
Другие гарантии могут быть выражены в письменной форме, но не обязательно выглядят как традиционные гарантии. Например, производитель лампочки печатает на упаковке слова «длится 15 000 часов». Слова «гарантия» или «гарантия» не появляются, но, тем не менее, данная претензия является явной гарантией.
Подразумеваемые гарантии
На большинство потребительских покупок распространяется подразумеваемая гарантия товарного качества, что означает, что товар будет работать так, как заявлено.Например, пылесос, который не создает достаточного всасывания для уборки среднего пола, нарушает подразумеваемую гарантию товарной пригодности. Федеральный закон определяет «товарные» по следующим критериям:
- Они должны соответствовать торговым стандартам, применимым к договору купли-продажи.
- Они должны подходить для целей, для которых такие товары обычно используются, даже если покупатель заказал их для использования в ином случае.
- Они должны быть одинаковыми по качеству и количеству в пределах допусков, предусмотренных договором купли-продажи.
- Они должны быть упакованы и промаркированы согласно договору купли-продажи.
- Они должны соответствовать спецификациям на этикетках упаковки, даже если это не оговорено в договоре купли-продажи.
Покрытие распространяется даже на подержанные товары, хотя в некоторых штатах разрешается продавцам подержанных или новых товаров аннулировать подразумеваемую гарантию, указав «продано как есть».
Продукция, предназначенная для иной цели, отличной от той, которую явно указал производитель, поставляется с подразумеваемой гарантией пригодности.Например, если продавец обуви продает вам туфли на высоком каблуке для бега (при условии, что вы ясно дали понять, что вам нужна обувь для бега), то ваша покупка покрывается подразумеваемой гарантией пригодности.
См. Что такое подразумеваемая гарантия? Больше подробностей.
АнглийскийГлагол( глава )Прилагательное(–)
Анаграммы* | АнглийскийГлагол( глава )Этимология 1Из ( etyl ), из ( etyl ) expressus, причастие прошедшего времени ( exprimere ) (см. Этимологию 2 ниже).Прилагательное( прилагательное )
Синонимы* явный * ( поезда ) быстро, трещинаАнтонимы* подразумеваетсяСуществительное( es )
цитата, проход = Поезд ехал медленнее в летнюю ночь. Быстрый экспресс превратился в нечто почти парламентское, трижды останавливался после Норвича и теперь, наконец, приближался к Бентону.}}
Синонимы* ( поезда ) скорый поездАнтонимы* ( поезда ) местный, пробкаЭтимология 2От ( etyl ) espresser, ( expresser ), от частой формы ( etyl ) exprimere.Глагол( es )
Синонимы* ( л ), ( л )Связанные термины* выразительный * явно * выражение * выразительный * выразительно * прямоСуществительное( выражает )
|
слов — Какое из них является правильным в предложении, выраженным или выраженным? Использование
слова — Какое из них правильное в предложении, выраженное или выраженное? — Обмен английским языком и использованием стекаСеть обмена стеков
Сеть Stack Exchange состоит из 178 сообществ вопросов и ответов, включая Stack Overflow, крупнейшее и пользующееся наибольшим доверием онлайн-сообщество, где разработчики могут учиться, делиться своими знаниями и строить свою карьеру.
Посетить Stack Exchange- 0
- +0
- Авторизоваться Подписаться
English Language & Usage Stack Exchange — это сайт вопросов и ответов для лингвистов, этимологов и серьезных энтузиастов английского языка.Регистрация займет всего минуту.
Зарегистрируйтесь, чтобы присоединиться к этому сообществуКто угодно может задать вопрос
Кто угодно может ответить
Лучшие ответы голосуются и поднимаются наверх
Спросил
Просмотрено 17к раз
Закрыто. Это вопрос не по теме. В настоящее время он не принимает ответы.Хотите улучшить этот вопрос? Обновите вопрос, чтобы он соответствовал теме обмена английским языком и использованием стека.
Закрыт 6 лет назад.
Является ли это «явной заинтересованностью» менеджера или «выраженной заинтересованностью» менеджера? Какой из них правильный?
Создан 23 июн.
PatxiPatxi111 золотой знак11 серебряный знак11 бронзовый знак
2Это зависит от контекста.Экспресс-процент — это
Интерес
- Частный; конкретный:
: Менеджер имеет интерес express в получении большого повышения заработной платы.
Выраженная заинтересованность — это заявленная или объясненная заявка: —
- а. Изложить словами; состояние: выразить мнение.
, так что менеджер имеет выразил интерес ко всему, что, по его словам, ему интересно (даже если он только притворялся).
(Свободный словарь).
Создан 23 июн.
Брайан ХуперБрайан Хупер36.1k5353 золотых знака141141 серебряный знак247247 бронзовых знаков
Не тот ответ, который вы ищете? Просмотрите другие вопросы с метками Использование слов или задайте свой вопрос.
Обмен английскими языками и использованием стека лучше всего работает с включенным JavaScriptВаша конфиденциальность
Нажимая «Принять все файлы cookie», вы соглашаетесь с тем, что Stack Exchange может хранить файлы cookie на вашем устройстве и раскрывать информацию в соответствии с нашей Политикой в отношении файлов cookie.
Принимать все файлы cookie Настроить параметры
низких скоростей расхождения профиля экспрессии в генах с высокой экспрессией и тканеспецифичных генах в процессе эволюции млекопитающих | Молекулярная биология и эволюция
Абстрактные
Темпы эволюции дают важную информацию о закономерностях и механизме эволюции.Хотя скорость эволюции генной последовательности хорошо изучена, скорость эволюции экспрессии генов изучена плохо. В частности, неясно, влияют ли уровень экспрессии гена и тканевая специфичность на расхождение профилей экспрессии между ортологичными генами. Здесь мы решаем этот вопрос, используя набор данных микроматрицы, содержащий сигналы экспрессии 10 607 пар ортологичных генов человека и мыши из более чем 60 тканей каждого вида. Мы показываем, что уровень экспрессии генов и степень тканевой специфичности обычно сохраняются между ортологами человека и мыши.Скорость изменения профиля экспрессии генов во время эволюции отрицательно коррелирует с уровнем экспрессии генов, измеряемым либо средним, либо самым высоким уровнем среди всех исследованных тканей. Это аналогично наблюдению, что скорость эволюции последовательности гена (или белка) отрицательно коррелирует с уровнем экспрессии гена. Однако влияние степени тканевой специфичности на скорость эволюции последовательности гена и профиль экспрессии противоположно. Гены с высокой тканевой специфичностью имеют тенденцию быстро развиваться на уровне последовательности генов, но медленно на уровне профиля экспрессии.Таким образом, различные силы и селективные ограничения должны лежать в основе эволюции генной последовательности и генной экспрессии.
Введение
Было высказано предположение, что эволюционные изменения морфологии и развития чаще происходят из-за изменений экспрессии генов, чем белковых последовательностей (King and Wilson 1975; Carroll 2005). Однако, по сравнению с нашими знаниями об эволюции последовательностей генов и белков (Li 1997; Nei and Kumar 2000), закономерности эволюции экспрессии генов в масштабах всего генома (Cavalieri, Townsend и Hartl 2000; Enard et al.2002; Олексяк, Черчилль и Кроуфорд 2002; Ранц и др. 2003; Рифкин, Ким и Уайт, 2003) плохо изучены, за исключением расхождений дублирующих генов (Гу и др., 2002; Макова, Ли, 2003; Гу и др., 2004; Хуминецки, Вулф, 2004; Гу, Чжан, и Хуанг, 2005; Он и Чжан 2005). Развитие высокопроизводительных технологий для характеристики экспрессии тысяч генов одновременно и последующая доступность данных экспрессии на микрочипах от нескольких видов открывают дверь для поиска общих принципов, управляющих эволюцией экспрессии генов.Два недавних исследования показали, что эволюция экспрессии в основном нейтральна, с небольшим влиянием либо положительного, либо очищающего отбора (Khaitovich et al. 2004; Yanai, Graur, and Ophir 2004). Однако последующие экспериментальные исследования и вычислительный анализ с использованием данных экспрессии на основе микрочипов показали, что эволюция экспрессии большинства генов подлежит очищающему отбору (Denver et al. 2005; Jordan, Marino-Ramirez, and Koonin 2005; Rifkin et al. 2005; Ляо и Чжан 2006). Например, Liao and Zhang (2006) подсчитали, что 84% генов млекопитающих имеют значительно более низкую дивергенцию экспрессии, чем ожидалось при полной нейтральности.Эти результаты поднимают вопрос о детерминантах уровня очищающего отбора на экспрессию генов.
Эволюционные изменения экспрессии генов можно изучать с двух сторон: (1) изменения уровня экспрессии генов в данной ткани или при определенных условиях и (2) изменения профиля экспрессии генов в пространственном, временном или средовом измерениях. Первый аспект изучен больше, чем второй (например, Ранц и др., 2003; Хайтович и др., 2004). Поэтому в данной работе мы остановимся на втором аспекте.В частности, мы исследуем эволюцию профиля экспрессии генов млекопитающих в тканях, сравнивая ортологи человека и мыши. Коэффициент корреляции Пирсона ( r ) используется для измерения сходства профиля экспрессии между парой ортологичных генов. Поскольку все ортологи человека и мыши разошлись за одно и то же время, можно использовать r для сравнения относительных скоростей эволюции профиля экспрессии среди генов. То есть более высокое значение r указывает на более низкую скорость эволюции, тогда как более низкое значение r указывает на более высокую скорость эволюции.
Здесь мы рассматриваем две потенциальные детерминанты скорости эволюции профиля экспрессии генов: уровень экспрессии и тканевую специфичность. Ранее было показано, что эти два фактора являются основными детерминантами скорости эволюции последовательности гена (или белка) (Hastings 1996; Duret and Mouchiroud 2000; Pal, Papp и Hurst 2001; Subramanian and Kumar 2004; Zhang and Li 2004; Zhang and He 2005), и наш анализ даст ответ на вопрос, регулируются ли эволюция последовательности генов и эволюция профиля экспрессии одними и теми же правилами.Более того, недавнее исследование показало, что дивергенция экспрессии между парой ортологов человек-мышь отрицательно коррелирует с количеством тканей, в которых экспрессируется ген (Yang, Su, and Li 2005). Это открытие вызывает недоумение, поскольку высокоспецифичная тканевая экспрессия гена указывает на то, что ген выполняет тканеспецифичную функцию (например, хеморецепцию или иммунитет), и маловероятно, чтобы такой высокоспециализированный ген выполнял функции, полезные для других тканей в организме человека. разные виды.Здесь мы анализируем набор данных микроматрицы Gene Atlas V2 (Su et al. 2004), который включает информацию об экспрессии 10 607 ортологичных генов человека и мыши в более чем 60 тканях. Наш анализ показывает, что скорость эволюции профиля экспрессии генов отрицательно коррелирует с уровнем экспрессии и степенью тканевой специфичности.
Материалы и методы
Данные экспрессии гена
Мы использовали информацию об экспрессии генов человека и мыши из набора данных Gene Atlas V2 (http: // symatlas.gnf.org/), который содержит данные экспрессии, полученные гибридизацией РНК из 73 непатогенных тканей человека и 61 ткани мыши на микрочипах Affymetrix (человек, U133A / GNF1H; мышь, GNF1M), разработанных в соответствии с аннотированными геномами человека и мыши. последовательности (Su et al. 2004). Ген представлен на чипе по крайней мере одним набором зондов, каждый из которых включает 11 (в человеческих массивах) или 10 (в мышиных массивах) пар зондов, которые перекрываются в своих нуклеотидных последовательностях. Чтобы назначить наборы зондов текущей аннотированной версии генов человека и мыши Ensembl, мы выровняли последовательности каждого набора зондов с последовательностями кДНК Ensembl (человека, Homo_sapiens.NCBI35.feb.cdna.fa; мышь, Mus_musculus.NCBIM33.feb.cdna.fa; http://www.ensembl.org/info/data/download.html/) с использованием BlastN (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/) и хранил те наборы датчиков, в которых все 11 человек или 10 подходящих мышиных зондов идеально соответствуют одному и тому же гену Ensembl. Для дальнейшего анализа было сохранено 25 368 наборов зондов (75,3%) в человеческом чипе, соответствующих 16 456 генам, и 18 005 наборов зондов (49,8%) в чипе мыши, соответствующих 15 835 генам. Уровень экспрессии, обнаруживаемый каждым набором зондов, был получен как интенсивность сигнала ( S ), вычисленная из любого MAS 5.0 (MAS5) (Hubbell, Liu, and Mei, 2002) или надежный алгоритм с несколькими массивами с корректировкой содержимого GC (GC-RMA) (Wu et al. 2004). Набор данных Gene Atlas V2, полученный из алгоритма GC-RMA, был загружен из GNF Genome Informatics Applications & Data sets (http://wombat.gnf.org). Значения S были усреднены по повторам. Поскольку результаты MAS5 и GC-RMA схожи, мы представляем результаты, полученные с помощью MAS5, если не указано иное.
Тканевая специфичность экспрессии гена
Мы использовали индекс тканевой специфичности τ (Yanai et al.{n _ {\ mathrm {H}}} \ left (1 {-} \ left [\ frac {\ mathrm {log} _ {2} S _ {\ mathrm {H}} (i, j)} {\ mathrm { log} _ {2} S _ {\ mathrm {H}} (i, \ mathrm {max})} \ right] \ right)} {n _ {\ mathrm {H}} {-} 1}, \] ( 1), где n H — количество исследованных тканей человека, а S H ( i , max) — самый высокий сигнал экспрессии гена i в n H тканях. Чтобы минимизировать влияние шума от низкой интенсивности, мы произвольно положим S H ( i , j ) равным 100, если оно меньше 100.Обратите внимание, что эта стратегия уменьшения эффекта шума используется только при вычислении τ. Когда ген имеет более одного набора датчиков на чипе, мы вычисляем τ путем усреднения значений τ, полученных из различных наборов датчиков. Значение τ находится в диапазоне от 0 до 1, причем более высокие значения указывают на более высокие вариации уровня экспрессии в тканях или более высокую тканевую специфичность. Если ген экспрессируется только в одной ткани, τ приближается к 1. Напротив, если ген одинаково экспрессируется во всех тканях, τ = 0.Ортологи человека и мыши
Информация о гомологии генов человека и мыши была получена из Ensembl EnsMart (http: // www.ensembl.org/Multi/martview) (Каспрзик и др., 2004). Ensembl обнаружил несколько аннотированных гомологических отношений между генами человека и мыши. Мы считали ортологическими только те пары генов, аннотированные как UBRH (Unique Best Reciprocal Hit, что означает, что они были уникальными взаимными лучшими совпадениями в поиске BlastZ «все против всех»). Мы обнаружили, что у 10607 пар ортологов человек-мышь есть данные об экспрессии. Считалось, что зонды Affymetrix с суффиксами имен _x_at и _s_at склонны к перекрестной гибридизации по сравнению с другими зондами (Техническая поддержка Affymetrix, Основы анализа данных, Приложение B; http: // www.affymetrix.com/support/downloads/manuals/) и были сочтены «неоптимальными» (Ян, Су и Ли, 2005). Но наш недавний анализ показал, что качество этих зондов не хуже, чем у других (Liao and Zhang 2006). Поэтому мы рассматривали все наборы датчиков одинаково.
Число синонимичных замен на синонимичный сайт ( d S ) и количество несинонимичных замен на несинонимичный сайт ( d N ) между ортологами человека и мыши были получены из Ensembl EnsMart.В этой базе данных d S и d N были оценены методом максимального правдоподобия с использованием пакета PAML (Yang 1997).
Сходство профиля экспрессии между ортологичными генами
Чтобы измерить сходство профиля экспрессии между ортологами человека и мыши, мы проанализировали 26 общих тканей двух видов, включенных в набор данных (Su et al. 2004). Эти 26 тканей — это адипоцит, надпочечник, миндалина, костный мозг, мозжечок, ганглий дорзального корня, сердце, гипоталамус, почка, печень, легкое, лимфатический узел, яичник, поджелудочная железа, гипофиз, плацента, простата, скелетные мышцы, спинной мозг, яичко. , вилочковая железа, щитовидная железа, язык, трахея, тройничный узел и матка.{2} \ left / n \ right.}}. \] (2) Здесь n = 26 — это количество рассматриваемых общих тканей, H обозначает человека, а M обозначает мышь. S H ( i , j ) и S M ( i , j ) — интенсивности сигналов экспрессии гена i в ткани человека j и ткани мыши j соответственно. Высокое значение r указывает на высокое сходство профиля экспрессии между ортологами и низкую скорость эволюции профиля экспрессии.Обратите внимание, что в нашем предыдущем исследовании (Liao and Zhang 2006) относительное количество мРНК в тканях (сигнал одной ткани относительно общего сигнала всех тканей) использовалось для вычисления r . Фактически, использование относительной численности или S дает точно такое же значение r . Чтобы сравнить наши результаты с результатами Янга, Су и Ли (2005), мы также использовали разработанный ими индекс сохранения выражения (ECI). ECI между парой ортологов человек-мышь составляет\ [\ mathrm {ECI} {=} \ frac {N _ {\ mathrm {HM}} {+} 0.5} {(N _ {\ mathrm {H}} {+} N _ {\ mathrm {M}}) / 2 {+} 0.5}, \]
(3) где N H и N M — это количество тканей человека и мыши, в которых экспрессируется ген, соответственно, а N HM — это количество тканей, в которых ген экспрессируется у обоих видов. Согласно Янгу, Су и Ли (2005), считается, что ген экспрессируется в ткани, если S ≥ 200 для ткани. ECI варьируется от 0 до 1, причем более высокие значения указывают на большее сходство между профилями экспрессии.Когда ген представлен более чем одним набором зондов на чипе микрочипа, r и ECI вычисляются путем усреднения значений, полученных из всех возможных комбинаций набора зондов человека и набора зондов мыши для гена.Результаты и обсуждение
Выбор параметров, используемых в этом исследовании
Данные транскриптома, проанализированные в настоящем исследовании, были получены в экспериментах с олигонуклеотидными микрочипами. Важно учитывать свойства данных микроматрицы при количественной оценке тканевой специфичности гена или сходства профилей экспрессии между парой ортологов.
Тканевая специфичность экспрессии генов измеряет степень дифференциальной экспрессии в тканях. Ожидается, что ген с более высокой тканевой специфичностью имеет тенденцию иметь более низкую широту экспрессии ( B ), которая представляет собой долю тканей, в которых экспрессируется ген. При анализе данных микроматрицы количество тканей ( N ), в которых экспрессируется ген, обычно определяется произвольным отсечением интенсивности сигнала S (Su et al. 2002; Виноградов 2004; Yang, Su и Li 2005).Подобные определения тканевой специфичности также использовались в исследованиях, основанных на серийном анализе экспрессии генов или данных тегов последовательности экспрессии (Duret and Mouchiroud, 2000; Ponger, Duret, and Mouchiroud, 2001; Lercher, Urrutia, and Hurst, 2002; Subramanian and Kumar, 2004). . Однако есть несколько проблем с подходом к применению порогового значения при определении того, экспрессируется ли ген в ткани. Во-первых, количество молекул мРНК гена в данной ткани — это непрерывная цифра; выражение не должно характеризоваться как отсутствующее или присутствующее.Во-вторых, уровень экспрессии, необходимый для функционирования гена, по-видимому, существенно варьирует среди генов; неразумно использовать единую отсечку для всех генов во всех тканях. В-третьих, широта экспрессии фактически измеряет тканевое ограничение экспрессии, но игнорирует количественные вариации экспрессии среди многих тканей (Schug et al. 2005). В-четвертых, значение S в данных микрочипа определяется не только количеством целевой мРНК, но также аффинностью зонда-мишени и алгоритмом обработки исходных данных.Другими словами, два гена с одинаковыми значениями S не обязательно имеют одинаковую концентрацию мРНК. Хотя в недавнем исследовании (Хаитович и др., 2005) для определения статуса экспрессии гена в данной ткани использовать значение Affymetrix P вместо порогового значения S , некоторых из вышеперечисленных проблем избежать невозможно. Из-за этих проблем с шириной экспрессии на основе отсечки ( B ) мы используем индекс тканевой специфичности (τ) для измерения тканевой специфичности.Использование параметра τ позволяет избежать вышеупомянутых проблем.
Другой потенциальной мерой тканевой специфичности является коэффициент вариации (CV) экспрессии в тканях. CV определяется как стандартное отклонение (SD) случайной величины, деленное на ее среднее значение. Значение CV для человеческого гена i может быть вычислено с помощью SD
\ (\ mathrm {log} _ {2} S _ {\ mathrm {H}} (i, j) \)
среди 73 рассмотренных тканей человека. деленное на среднее значение\ (\ mathrm {log} _ {2} S _ {\ mathrm {H}} (i, j) \)
из 73 тканей.Высокий CV указывает на большие различия в экспрессии генов среди тканей, что подразумевает тканевую специфичность. Поскольку τ и CV сильно коррелированы (коэффициент ранговой корреляции Спирмена = 0,693, P <10 −300 ; коэффициент корреляции Пирсона = 0,690, P <10 −300 ; см. Рис. S1, дополнительные материалы в Интернете) , в данном исследовании мы будем использовать только τ.Мы используем корреляцию Пирсона r для измерения сходства (сохранения) профиля экспрессии между парой ортологичных генов.Ян, Су и Ли (2005) утверждали, что по сравнению с r более подходящей мерой является ECI. Однако наши результаты показывают, что r лучше, чем ECI, для количественной оценки сходства профилей экспрессии (см. Ниже). Например, в отличие от ECI, использование r позволяет избежать использования метода отсечки при определении N .
Сохранение уровня экспрессии генов и тканевой специфичности в процессе эволюции
Мы проверяем, схожи ли уровень экспрессии генов и степень тканевой специфичности между человеческими и мышиными ортологическими генами.Если эволюция экспрессии генов не ограничивается избирательно, как предполагалось ранее (Khaitovich et al. 2004; Yanai, Graur, and Ophir 2004), такого сходства не ожидается (Jordan, Marino-Ramirez, and Koonin 2005) из-за длительного времени расхождения. между двумя видами (Springer et al. 2003; Murphy, Pevzner and O’Brien 2004) и быстрым темпом, с которым экспрессия генов может изменяться в ходе эволюции (Gu et al. 2002). Однако мы обнаружили сильную положительную корреляцию в обоих средних уровнях экспрессии (рис.1 а ; Коэффициент ранговой корреляции Спирмена = 0,392, P <10 −300 ) и тканевая специфичность (рис.1 b ; коэффициент ранговой корреляции Спирмена = 0,296, P <10 −212 ) между ортологами человека и мыши . Обратите внимание, что средние уровни экспрессии рассчитываются путем усреднения значений S 73 нормальных тканей человека или 61 ткани мыши. Аналогичные результаты были получены, когда учитывались только 26 общих тканей между людьми и мышами (коэффициент ранговой корреляции Спирмена = 0.384, P <10 -300 , для среднего уровня экспрессии; Коэффициент ранговой корреляции Спирмена = 0,335, P <10 −276 , для тканевой специфичности). Интересно отметить, что, хотя анализируемые нами данные микроматрицы были зашумленными (Hill et al. 2001; Irizarry et al. 2003), а наборы зондов ортологичных генов часто имели различное гибридизационное поведение (Liao and Zhang 2006), Значительное сходство в уровне экспрессии и тканевой специфичности все еще очевидно между ортологами человека и мыши, что убедительно указывает на эволюционное сохранение экспрессии генов.Наш результат относительно сохранения уровня экспрессии генов согласуется с результатами Jordan, Marino-Ramirez и Koonin (2005).
РИС. 1.—
Сходство между ортологами человека и мыши по среднему уровню экспрессии ( a ) и тканевой специфичности ( b ). Коэффициент ранговой корреляции Спирмена = 0,392 ( P <10 −300 ) для ( a ) и 0,296 ( P <10 −212 ) для ( b ).Кроме того, для каждой панели представлены линейная регрессия и коэффициент корреляции Пирсона ( R ). Данные включали 10 607 ортологов человек-мышь. Средние уровни экспрессии ( S H или S M ) и тканевой специфичности (τ H или τ M ) генов человека и мыши рассчитаны для 73 нормальных тканей человека и 61 мыши. соответственно.
РИС. 1.—
Сходство между ортологами человека и мыши по среднему уровню экспрессии ( a ) и тканевой специфичности ( b ).Коэффициент ранговой корреляции Спирмена = 0,392 ( P <10 −300 ) для ( a ) и 0,296 ( P <10 −212 ) для ( b ). Кроме того, для каждой панели представлены линейная регрессия и коэффициент корреляции Пирсона ( R ). Данные включали 10 607 ортологов человек-мышь. Средние уровни экспрессии ( S H или S M ) и тканевой специфичности (τ H или τ M ) генов человека и мыши рассчитаны для 73 нормальных тканей человека и 61 мыши. соответственно.
Предыдущие исследования показали, что уровень экспрессии генов и широта экспрессии сильно и положительно коррелируют (Lercher, Urrutia, and Hurst, 2002; Виноградов, 2004). Это не является неожиданным, поскольку широта выражения определяется используемым пороговым значением сигнала выражения. Однако в настоящем исследовании практически не обнаружено корреляции между уровнем экспрессии и тканевой специфичностью τ. Например, у людей коэффициент ранговой корреляции Спирмена между τ и средним значением S равен -0,007 ( P = 0.481). Поскольку корреляции, которые мы сообщаем в следующих двух разделах, намного выше и очень значительны, уместно предположить, что τ и S не коррелированы.
Высокоэкспрессированные гены имеют низкие скорости эволюции профиля экспрессии
Феномен того, что высокоэкспрессируемые гены имеют более низкую скорость замены, чем низкоэкспрессируемые гены в кодирующих последовательностях, был зарегистрирован у бактерий (Rocha and Danchin, 2004), одноклеточных эукариот (Pal, Papp, and Hurst, 2001; Wall et al.2005; Zhang, He, 2005) и многоклеточные эукариоты (Subramanian, Kumar, 2004; Jordan, Marino-Ramirez, and Koonin, 2005). Это верно и для нашего набора данных. Например, средний уровень экспрессии генов человека ( S H ) и несинонимичное нуклеотидное расстояние d N между ортологами человека и мыши имеют отрицательную корреляцию (коэффициент ранговой корреляции Спирмена = -0,160, P < 10 −58 ). Мы также обнаружили слабую отрицательную корреляцию между S H и синонимичным нуклеотидным расстоянием d S (коэффициент ранговой корреляции Спирмена = -0.099, P <10 −23 ). S H и d N / d S также имеют отрицательную корреляцию (коэффициент ранговой корреляции Спирмена = -0,139, P <10 -44 ). Эти результаты подтверждают, что гены с высокой экспрессией более избирательно ограничены в кодирующей последовательности, чем гены с низкой экспрессией. Ниже мы исследуем, являются ли гены с высокой экспрессией также более ограниченными в эволюции профиля их экспрессии.
Наш анализ 10607 ортологов человек-мышь показывает, что высокоэкспрессированные гены имеют более сходные профили экспрессии между видами, чем низкоэкспрессируемые гены (рис. 2 для группированных данных). Это верно независимо от того, измеряется ли уровень экспрессии средним значением S по всем тканям (рис.2 a , человек; рис.2 b , мышь) или максимальным значением S (рис.2 c , человек; рис.2 d , мышь) среди 73 исследованных тканей человека или 61 мыши.Для исходных данных без объединения положительная корреляция между сходством профиля и уровнем экспрессии также сильна (коэффициент ранговой корреляции: 0,17–0,37) (подпись на рис. 2). Поскольку сходство профилей экспрессии происходит из 26 тканей, общих для людей и мышей, мы также провели корреляционный анализ, используя среднее значение S и максимальное S , вычисленное для 26 общих тканей. Полученные результаты (рис. S2, дополнительные материалы онлайн) аналогичны тем, которые представлены на рис.2. Кроме того, мы использовали набор данных экспрессии GC-RMA и получили аналогичные результаты (рис. S3, дополнительные материалы онлайн).
РИС. 2.—
Гены с высокой экспрессией имеют большее сходство профилей экспрессии между ортологами человека и мыши, чем гены с низкой экспрессией (набор данных MAS5). Уровень экспрессии измеряется либо средним уровнем экспрессии, либо максимальным уровнем экспрессии во всех тканях (т.е. 73 нормальных тканях человека или 61 ткань мыши). Полоса ошибок показывает 95% -ный доверительный интервал среднего, рассчитанный по 10 000 репликаций начальной загрузки для каждого бина.Данные включают 10 607 ортологов человека и мыши. Мы измерили корреляции, используя исходные данные без объединения. Коэффициент ранговой корреляции Спирмена составляет ( a ) 0,172 ( P <10 −71 ), ( b ) 0,176 ( P <10 −74 ), ( c ) 0,333 ( P <10 −272 ) и ( d ) 0,365 ( P <10 −300 ). Количество пар генов, используемых в каждой ячейке, составляет ( a ) 0–200: 2,517; 200–400: 2781; 400–800: 3093; 800–1600: 1 576; > 1600: 640; ( b ) 0–200: 4 377; 200–400: 3 132; 400–800: 2 064; 800–1600: 768; > 1600: 266; ( c ) 0–400: 909; 400–800: 1 900; 800–1600: 2743; 1,600–3200: 2,302; 3 200–6 400: 1 472; > 6400: 1281; ( д ) 0–400: 2439; 400–800: 2 507; 800–1600: 2402; 1600–3200: 1619; 3 200–6 400: 961; > 6 400: 679.
РИС. 2.—
Гены с высокой экспрессией имеют большее сходство профилей экспрессии между ортологами человека и мыши, чем гены с низкой экспрессией (набор данных MAS5). Уровень экспрессии измеряется либо средним уровнем экспрессии, либо максимальным уровнем экспрессии во всех тканях (т.е. 73 нормальных тканях человека или 61 ткань мыши). Полоса ошибок показывает 95% -ный доверительный интервал среднего, рассчитанный по 10 000 репликаций начальной загрузки для каждого бина. Данные включают 10 607 ортологов человека и мыши.Мы измерили корреляции, используя исходные данные без объединения. Коэффициент ранговой корреляции Спирмена составляет ( a ) 0,172 ( P <10 −71 ), ( b ) 0,176 ( P <10 −74 ), ( c ) 0,333 ( P <10 −272 ) и ( d ) 0,365 ( P <10 −300 ). Количество пар генов, используемых в каждой ячейке, составляет ( a ) 0–200: 2,517; 200–400: 2781; 400–800: 3093; 800–1600: 1 576; > 1600: 640; ( b ) 0–200: 4 377; 200–400: 3 132; 400–800: 2 064; 800–1600: 768; > 1600: 266; ( c ) 0–400: 909; 400–800: 1 900; 800–1600: 2743; 1,600–3200: 2,302; 3 200–6 400: 1 472; > 6400: 1281; ( д ) 0–400: 2439; 400–800: 2 507; 800–1600: 2402; 1600–3200: 1619; 3 200–6 400: 961; > 6 400: 679.
Возможно, что положительная корреляция между уровнем экспрессии гена и сходством профиля экспрессии обусловлена относительно сильным фоновым шумом при низких уровнях экспрессии, который уменьшит сходство профиля экспрессии в большей степени для генов с низкой экспрессией. Если наш результат в основном обусловлен таким фактором, корреляция между уровнем экспрессии и сходством профиля должна быть намного слабее в подмножестве генов с высокой экспрессией. Мы исследовали гены со средним значением S ≥ 800, что намного больше, чем обычно считается значимым ( S = 200, Su et al.2002). Мы обнаружили, что гены с высокой экспрессией ( S ≥ 800) все еще демонстрируют ту же тенденцию (рис. 2 a и b ), предполагая, что наше наблюдение не связано с фоновым шумом. Таким образом, наши результаты предполагают, что гены с высокой экспрессией подвергаются более сильному очищающему отбору как в эволюции кодирующей последовательности, так и в эволюции профиля экспрессии, чем гены с низкой экспрессией.
Тканеспецифичные гены имеют низкие скорости эволюции профиля экспрессии
Предыдущие исследования показали, что широко экспрессируемые гены, такие как гены домашнего хозяйства, имеют более низкую скорость замены в их кодирующих последовательностях, чем узко экспрессируемые гены (Hastings 1996; Duret and Mouchiroud 2000; Winter, Goodstadt and Ponting 2004; Zhang and Li 2004).Ожидается, что такая же тенденция существует между тканевой специфичностью τ и скоростью эволюции кодирующей последовательности. Действительно, мы обнаружили слабую положительную корреляцию между τ H и d N (коэффициент ранговой корреляции Спирмена = 0,089, P <10 −18 ), d S (коэффициент ранговой корреляции Спирмена = 0,114, P <10 −24 ) и d N / d S (коэффициент ранговой корреляции Спирмена = 0.060, P <10 -9 ). Затем мы исследовали взаимосвязь между тканевой специфичностью и скоростью дивергенции профиля экспрессии. Мы обнаружили, что гены с более высокими значениями τ имеют тенденцию демонстрировать более высокое сходство профиля экспрессии ( r ) между ортологами человека и мыши (см. Диаграмму 3 с объединенными данными). Эта корреляция является сильной (коэффициент ранговой корреляции 0,34–0,38) и очень значимой даже для исходных данных без объединения (см. Легенду на рис. 3). Набор данных экспрессии GC-RMA дал аналогичные результаты (рис.S4, Дополнительные материалы онлайн). Поскольку корреляция между r и τ намного выше, чем корреляция между τ и S , мы заключаем, что первая корреляция не связана со второй. Другими словами, уровень экспрессии и тканевая специфичность независимо влияют на скорость эволюции профиля экспрессии.
РИС. 3.—
Большее сходство профилей экспрессии между ортологами человека и мыши для генов с высокой тканевой специфичностью, чем для генов с низкой тканевой специфичностью (набор данных MAS5).Тканевая специфичность измеряется с использованием всех тканей (т.е. 73 нормальных тканей человека или 61 ткань мыши). Полоса ошибок показывает 95% -ный доверительный интервал среднего, рассчитанный по 10 000 репликаций начальной загрузки для каждого бина. Данные включают 10 607 ортологов человека и мыши. Мы измерили корреляции, используя исходные данные без объединения. Коэффициент ранговой корреляции Спирмена составляет ( a ) 0,340 ( P <10 −285 ) и ( b ) 0,377 ( P <10 −300 ).Количество генов в каждой ячейке составляет ( a ) 0,00–0,05: 84; 0,05–0,10: 397; 0,10–0,15: 1810; 0,15–0,20: 3 146; 0,20–0,25: 2352; 0,25–0,30: 1 305; 0,30–0,35: 756; 0,35–0,40: 397; > 0,40: 360; ( b ) 0,00–0,05: 444; 0,05–0,10: 1,184; 0,10–0,15: 2 473; 0,15–0,20: 2,151; 0,20–0,25: 1,613; 0,25–0,30: 1,117; 0,30–0,35: 740; 0,35–0,40: 444; > 0,40: 441.
РИС. 3.—
Большее сходство профилей экспрессии между ортологами человека и мыши для генов с высокой тканевой специфичностью, чем для генов с низкой тканевой специфичностью (набор данных MAS5).Тканевая специфичность измеряется с использованием всех тканей (т.е. 73 нормальных тканей человека или 61 ткань мыши). Полоса ошибок показывает 95% -ный доверительный интервал среднего, рассчитанный по 10 000 репликаций начальной загрузки для каждого бина. Данные включают 10 607 ортологов человека и мыши. Мы измерили корреляции, используя исходные данные без объединения. Коэффициент ранговой корреляции Спирмена составляет ( a ) 0,340 ( P <10 −285 ) и ( b ) 0,377 ( P <10 −300 ).Количество генов в каждой ячейке составляет ( a ) 0,00–0,05: 84; 0,05–0,10: 397; 0,10–0,15: 1810; 0,15–0,20: 3 146; 0,20–0,25: 2352; 0,25–0,30: 1 305; 0,30–0,35: 756; 0,35–0,40: 397; > 0,40: 360; ( b ) 0,00–0,05: 444; 0,05–0,10: 1,184; 0,10–0,15: 2 473; 0,15–0,20: 2,151; 0,20–0,25: 1,613; 0,25–0,30: 1,117; 0,30–0,35: 740; 0,35–0,40: 444; > 0,40: 441.
Наше открытие положительной корреляции между r и τ, по-видимому, противоречит тому, что обнаружили Ян, Су и Ли (2005).Они показали, что широко экспрессируемые гены имеют более низкие скорости эволюции профиля экспрессии, чем узко экспрессируемые гены, что было основано на наблюдении положительной корреляции между широтой экспрессии ( B ) и ECI между ортологами человека и мыши. Их результаты могут не отражать биологическую реальность по следующим трем причинам.
Во-первых, как упоминалось выше, они использовали потенциально проблемный подход, заключающийся в применении отсечки сигнала к данным микроматрицы и определения широты экспрессии путем подсчета количества тканей, в которых экспрессируется ген.Рисунок 4 a дает пример, иллюстрирующий его недостатки. Часто на чипе микроматрицы имеется более одного набора зондов, представляющих ген. Теоретически разные наборы зондов одного и того же гена должны давать аналогичные значения τ (или B ), потому что эти разные наборы зондов нацелены на одну и ту же мРНК. Однако, когда значение отсечки 200 используется для двух наборов зондов гена WASPIP человека, B существенно отличается в зависимости от того, какой набор зондов используется (набор зондов # 1, B = 2/26 = 0 .077; набор датчиков # 2, B = 17/26 = 0,654). На фигуре 4 a показано, что два набора зондов обеспечивают относительно согласованные паттерны экспрессии, за исключением того, что набор зондов № 1 имеет гораздо более низкое сродство к целевой мРНК, чем набор зондов № 2. В отличие от B , аналогичные значения τ были получены с использованием этих двух наборов датчиков (набор датчиков № 1, 0,351; набор датчиков № 2, 0,334), что свидетельствует о том, что τ является лучшим показателем, чем B .
РИС. 4.—
Два примера профилей экспрессии, полученных из Gene Atlas V2.( a ) Профили двух наборов зондов (набор зондов 1, 202663_at; набор зондов 2, 202664_at) гена WASPIP человека. Ширина выражения ( B ) для набора датчиков № 1 и набора датчиков № 2 составляет 0,077 и 0,654 соответственно. Тканевая специфичность (τ) для двух наборов зондов составляет 0,351 и 0,334 соответственно. Для сходства между двумя профилями, созданными двумя наборами датчиков, ECI = 0,250 и r = 0,849. (b ) Профили экспрессии гена NEU1 человека (набор зондов, 208926_at) и его ортолога мыши (набор зондов, gnf1m23979_at).Значение ECI между профилями ортологов NEU1 человек-мышь составляет 0,961, тогда как r равно 0,288.
РИС. 4.—
Два примера профилей экспрессии, полученных из Gene Atlas V2. ( a ) Профили двух наборов зондов (набор зондов 1, 202663_at; набор зондов 2, 202664_at) гена WASPIP человека. Ширина выражения ( B ) для набора датчиков № 1 и набора датчиков № 2 составляет 0,077 и 0,654 соответственно. Тканевая специфичность (τ) для двух наборов зондов равна 0.351 и 0,334 соответственно. Для сходства между двумя профилями, созданными двумя наборами датчиков, ECI = 0,250 и r = 0,849. (b ) Профили экспрессии гена NEU1 человека (набор зондов, 208926_at) и его ортолога мыши (набор зондов, gnf1m23979_at). Значение ECI между профилями ортологов NEU1 человек-мышь составляет 0,961, тогда как r равно 0,288.
Во-вторых, поскольку количество тканей, в которых экспрессируется ген ( N ), сильно зависит от используемого отсечки сигнала, и поскольку ECI вычисляется из N , можно ожидать, что ECI также проблематичен.Например, на фиг.4 a , хотя два набора зондов представляют один и тот же ген человека ( WASPIP ) и имеют совпадающие паттерны экспрессии, значение ECI низкое (0,250). На фигуре 4 b , хотя гены NEU1 человека и мыши имеют существенно разные профили экспрессии, ECI высокий (0,961). В отличие от ECI, показатель Пирсона r между профилями экспрессии кажется лучшим показателем, отражающим биологические факты (рис.4 a , r = 0.849; инжир. 4 b , r = 0,288).
Наконец, поскольку и ECI, и B вычисляются из N , ожидается, что ECI и B не являются независимыми друг от друга. Из уравнения (3) мы ожидаем, что ортологи человека-мыши с большим N должны иметь более высокие значения ECI, потому что случайно они имеют больше возможностей перекрываться в экспрессии. Чтобы продемонстрировать этот эффект, мы случайным образом соединили гены человека и мыши. Как показано на рисунке 5 a , случайно спаренные гены по-прежнему показывают положительную корреляцию между ECI и B , предполагая, что ранее наблюдаемая корреляция у Янга, Су и Ли (2005) может быть не из-за истинных биологических отношений, а скорее. артефакт, вызванный зависимостью между двумя используемыми параметрами.Напротив, такой корреляции не существует для случайно спаренных генов, когда мы используем τ для измерения тканевой специфичности и r для измерения сходства профиля экспрессии (рис. 5 b ). Ян, Су и Ли (2005) попытались избежать зависимости между ECI и B , используя разные наборы тканей для вычисления ECI и B . Они предположили, что их результат все еще остается в силе после этого рассмотрения, как показано в их таблице 1. Однако они не контролировали уровень экспрессии S .Поскольку ширина экспрессии B и среднее значение S сильно коррелированы (ранговая корреляция Спирмена = 0,86, P <10 -300 по нашим данным), их наблюдение за сохранением широко экспрессируемых генов может быть связано с тем, что (1) широко экспрессируемые гены имеют тенденцию к высокой экспрессии и (2) высоко экспрессируемые гены имеют тенденцию к сохранению (рис. 2). Преимущество использования τ вместо B состоит в том, что τ и S не коррелируют (см. Выше).
РИС. 5.—
Корреляция между широтой выражения ( B ) и ECI обусловлена внутренней зависимостью между двумя параметрами. ( a ) B и ECI положительно коррелируют как в реальных ортологах, так и в случайно спаренных генах человека и мыши. Следуя процедуре, которую Ян, Су и Ли (2005) использовали для создания своего рис. 3, мы рассчитали B из 47 тканей человека, которые не исследовались на мышах. ( b ) Тканевая специфичность (τ) и сходство профиля экспрессии ( r ) положительно коррелируют в реальных ортологах, но не в случайно спаренных генах человека и мыши.
РИС. 5.—
Корреляция между широтой выражения ( B ) и ECI обусловлена внутренней зависимостью между двумя параметрами. ( a ) B и ECI положительно коррелируют как в реальных ортологах, так и в случайно спаренных генах человека и мыши. Следуя процедуре, которую Ян, Су и Ли (2005) использовали для создания своего рис. 3, мы рассчитали B из 47 тканей человека, которые не исследовались на мышах. ( b ) Тканевая специфичность (τ) и сходство профиля экспрессии ( r ) положительно коррелируют в реальных ортологах, но не в случайно спаренных генах человека и мыши.
Предыдущие исследования молекулярной эволюции рассматривали различия между генами домашнего и не домашнего хозяйства (например, Zhang and Li 2004). Гены домашнего хозяйства экспрессируются в большинстве тканей. Ожидается, что гены домашнего хозяйства имеют более низкую тканевую специфичность, чем гены, не относящиеся к домашнему хозяйству. Если определить человеческие гены домашнего хозяйства как S ≥ 200 по крайней мере в 70 из 73 исследованных тканей, τ будет 0,168 ± 0,001 (среднее ± стандартная ошибка среднего) для 2262 генов домашнего хозяйства, но 0.225 ± 0,001 для других 8345 генов, что согласуется с вышеуказанным ожиданием. Однако средний уровень экспрессии генов домашнего хозяйства намного выше (1351 ± 33), чем других генов (413 ± 5). Интересно, что мы обнаружили, что сходство профиля экспрессии ( r ) между ортологами человека и мыши не различается между генами домашнего хозяйства (0,211 ± 0,006) и другими генами (0,215 ± 0,003). По-видимому, высокие уровни экспрессии и низкая тканевая специфичность компенсируют друг друга, так что гены домашнего хозяйства не отличаются от других генов в r .Мы отмечаем, что хотя гены домашнего хозяйства имеют тенденцию иметь низкие вариации уровня экспрессии в тканях, дисперсия не равна 0. Более того, относительные уровни экспрессии в тканях могут не иметь значения для генов домашнего хозяйства. Это может объяснить, почему r для генов домашнего хозяйства не выше, чем для генов, не связанных с домашним хозяйством.
Сходства и различия между последовательностью кодирования и эволюцией профиля экспрессии
В этой работе мы использовали статистические корреляции для идентификации факторов, которые могут влиять на эволюцию профилей экспрессии генов млекопитающих.Важно выяснить (1), насколько сильно коррелированы две величины и (2) насколько сильна корреляция. Важные корреляции, на которых основаны наши основные выводы, находятся в диапазоне от 0,17 до 0,38. Эти корреляции не особенно высоки, но статистически значимы. Относительно низкие корреляции могут отражать два факта. Во-первых, скорость эволюции профиля экспрессии генов определяется множеством факторов, каждый из которых может иметь лишь небольшое влияние. Во-вторых, известно, что данные экспрессии микроматрицы зашумлены, что снижает корреляции.Поскольку эволюция профилей экспрессии генов плохо изучена, важно сначала идентифицировать все соответствующие детерминанты, прежде чем можно будет оценить их относительный вклад. Также полезно сравнить величины недавно выявленных корреляций с величинами хорошо установленных корреляций, как будет обсуждаться ниже.
Проанализировав более 10 000 пар ортологичных генов человека и мыши, мы обнаружили, что гены с высокой экспрессией имеют более низкие темпы эволюции, чем гены с низкой экспрессией, как по кодирующей последовательности, так и по профилю экспрессии (рис.6). Уровень экспрессии генов ( S ) считается единственным наиболее важным детерминантом скорости эволюции кодирующей последовательности (Drummond, Raval, and Wilke 2006). Мы обнаружили, что корреляция (0,17) между сходством профиля экспрессии ( r ) и S немного выше, чем корреляция (0,14–0,16) между d N (или d N / d ). S ) и S для генов млекопитающих, что предполагает аналогичную важность уровня экспрессии в определении скорости эволюции профиля экспрессии и скорости эволюции кодирующей последовательности.
РИС. 6.—
Краткое изложение корреляций, обсуждаемых в этой статье. Символ «+» обозначает положительную корреляцию, а символ «-» обозначает отрицательную корреляцию. Корреляции, обнаруженные в предыдущих исследованиях и подтвержденные в настоящей работе, представлены серыми стрелками, а новые, обнаруженные в этом исследовании, представлены черными стрелками. Связь между эволюционной сохранностью кодирующих последовательностей и профилями экспрессии неясна.
РИС. 6.—
Краткое изложение корреляций, обсуждаемых в этой статье. Символ «+» обозначает положительную корреляцию, а символ «-» обозначает отрицательную корреляцию. Корреляции, обнаруженные в предыдущих исследованиях и подтвержденные в настоящей работе, представлены серыми стрелками, а новые, обнаруженные в этом исследовании, представлены черными стрелками. Связь между эволюционной сохранностью кодирующих последовательностей и профилями экспрессии неясна.
Указывает ли сходное влияние уровня экспрессии генов на кодирующую последовательность и эволюцию профиля экспрессии на общий эволюционный механизм? Недавнее исследование показало, что высокоэкспрессируемые белки находятся под более сильным давлением, чтобы избежать неправильной укладки, вызванной ошибками трансляции; следовательно, эти белки предъявляют более жесткие требования к своим последовательностям и более консервативны в процессе эволюции (т.е., гипотеза о трансляционной устойчивости) (Драммонд и др., 2005). Хотя эта гипотеза может объяснить, почему гены с высокой экспрессией имеют низкие скорости эволюции кодирующих последовательностей, она не может объяснить, почему они также имеют низкие скорости эволюции профиля экспрессии, потому что нет связи между сохранением профиля экспрессии и неправильной упаковкой белков. Также было высказано предположение, что гены с высокой степенью экспрессии функционально более важны и, следовательно, более консервативны в своих кодирующих последовательностях (Rocha and Danchin 2004).Эта гипотеза функциональной важности может объяснить наши наблюдения, если функционально важные гены подвергаются сильному очищающему отбору как по кодирующим последовательностям, так и по профилям экспрессии. Однако гипотеза функциональной важности не была подтверждена в предыдущем исследовании дрожжей (Drummond et al. 2005). Более того, у дрожжей и бактерий только небольшая часть сильной корреляции между уровнем экспрессии генов и d N может быть объяснена их ковариацией с важностью генов, которая измеряется снижением приспособленности, вызванным делециями генов (Rocha and Данчин 2004; Чжан и Хэ 2005).Основная причина влияния уровня экспрессии генов на скорость эволюции кодирующей последовательности до сих пор не ясна. Возможно, что очевидное сходное влияние уровня экспрессии генов на дивергенцию кодирующей последовательности и дивергенцию профиля экспрессии имеет разные основные причины.
Мы обнаружили, что тканевая специфичность оказывает противоположное влияние на скорость эволюции кодирующей последовательности и скорость эволюции профиля экспрессии. По сравнению с геном с низкой тканевой специфичностью, ген с высокой тканевой специфичностью имеет тенденцию эволюционировать быстрее по своей кодирующей последовательности, но медленнее по профилю экспрессии (рис.6). Было высказано предположение, что существует меньше функциональных ограничений для белковой последовательности, если она экспрессируется только в небольшом количестве тканей (Duret and Mouchiroud 2000). В то же время тканеспецифические гены могут быть более адаптивными из-за меньшего количества плейотропных эффектов (Duret and Mouchiroud 2000). Как следствие, тканевая специфичность и d N становятся положительно коррелированными. Более подробные причинно-следственные связи, связанные с этой взаимосвязью, обсуждались в Zhang and Li (2004). Однако стоит отметить, что корреляция между тканевой специфичностью (τ) и d N низкая (ранговая корреляция Спирмена = 0.089) в нашем анализе. Предыдущие исследования, демонстрирующие влияние тканевой специфичности на эволюцию кодирующей последовательности, вероятно, были смешаны с влиянием уровня экспрессии, поскольку пороговые значения экспрессии использовались для определения тканевой специфичности (Duret and Mouchiroud 2000; Zhang and Li 2004). Однако в настоящем исследовании влияние тканевой специфичности можно четко разделить, поскольку τ не коррелирует с уровнем экспрессии.
Корреляция между сходством профиля экспрессии и τ колеблется от 0.34–0,38, указывая на то, что влияние тканевой специфичности на эволюцию профиля экспрессии намного больше, чем на эволюцию кодирующей последовательности. Учитывая большую ошибку оценки сходства профилей экспрессии, вызванную технологиями микрочипов (Liao and Zhang 2006), наблюдаемая высокая корреляция заставляет нас полагать, что тканевая специфичность является одной из наиболее важных детерминант эволюционной скорости профиля экспрессии генов у млекопитающих. Почему гены с высокой тканевой специфичностью имеют низкую скорость эволюции профиля экспрессии? Возможно, что для тканеспецифического гена его функция сильно зависит от тканей, в которых он экспрессируется.Экспрессия гена в другой ткани сделает белок физиологически бесполезным или даже вредным. Напротив, неспецифичные для ткани гены могут быть более толерантными к изменениям уровня экспрессии в различных тканях, таким образом, имея относительно высокие скорости эволюции профиля экспрессии. Взятые вместе, эволюция профиля экспрессии и эволюция кодирующей последовательности, по-видимому, регулируются разными принципами.
Недавнее исследование, основанное на сравнении человека и шимпанзе, показало, что скорость эволюции уровня экспрессии гена положительно коррелирует со скоростью эволюции его кодирующей последовательности (Khaitovich et al.2005). Однако неясно, коррелирует ли эволюционная скорость профиля экспрессии с таковой кодирующей последовательности (рис. 6). Несколько исследований с использованием ортологов человек-мышь не обнаружили такой корреляции (Jordan et al. 2004; Yanai, Graur, and Ophir 2004; Jordan, Marino-Ramirez, and Koonin 2005). Наше предыдущее исследование показало слабую положительную корреляцию между этими двумя величинами, когда евклидово расстояние использовалось для измерения сходства профилей ортологов человека и мыши (Liao and Zhang 2006).Однако такая корреляция не наблюдалась, когда Pearson r использовался для измерения сходства профилей. На рисунке 6 показано, что эти неоднозначные результаты могут быть связаны с различными эффектами уровня экспрессии и тканевой специфичности на скорость эволюции кодирующей последовательности и профиль экспрессии.
Следует подчеркнуть, что полногеномный анализ эволюции экспрессии генов только начался, и большинство исследований было сосредоточено на выявлении корреляций.Когда станет доступно большее количество и качество данных, можно будет изучить основные причины выявленных корреляций и относительный вклад различных факторов. Мы также хотим подчеркнуть, что влияние уровня экспрессии и тканевой специфичности на эволюционную скорость профиля экспрессии, о котором мы сообщаем в этой работе, должно быть подтверждено другими наборами данных и другими видами. В отличие от исследования эволюции последовательности гена / белка, в ходе которого были разработаны различные эволюционные дистанции (Li 1997; Nei and Kumar 2000), в изучении дивергенции профиля экспрессии все еще отсутствует надежный способ измерения расстояния.Все введенные до сих пор расстояния ( r , Евклидово расстояние и ECI) измеряют только относительную дивергенцию профилей экспрессии, но ничего не говорят о количестве генетических изменений, ответственных за дивергенцию экспрессии. Понимание молекулярно-генетических механизмов регуляции экспрессии облегчит разработку таких дистанционных мер, которые, в свою очередь, помогут выяснить способ и причину эволюции экспрессии.
Мы благодарим Луиса Чавеса, Венди Грус, Сионглей Хе, Ондрея Подлаху и двух анонимных рецензентов за ценные комментарии.Эта работа была поддержана исследовательскими грантами Мичиганского университета и Национальных институтов здравоохранения, предоставленным J.Z.
Список литературы
Кэрролл, С. Б.
2005
. Эволюция на двух уровнях: на генах и форме.PLoS Biol.
3
:e245
.Кавальери Д., Дж. П. Таунсенд и Д. Л. Хартл.
2000
. Множественные аномалии экспрессии генов в изоляте Saccharomyces cerevisiae из виноградников, выявленные с помощью анализа ДНК на микрочипах.Proc. Natl. Акад. Sci. США
97
:12369
–12374.Денвер, Д. Р., К. Моррис, Дж. Т. Стрелман, С. К. Ким, М. Линч и В. К. Томас.
2005
. Транскрипционные последствия мутации и естественного отбора у Caenorhabditis elegans.Nat. Genet.
37
:544
–548.Драммонд Д. А., Дж. Д. Блум, К. Адами, К. О. Уилке и Ф. Х. Арнольд.
2005
. Почему высокоэкспрессированные белки развиваются медленно.Proc. Natl. Акад. Sci. США
102
:14338
–14343.Драммонд, Д. А., А. Раваль и К. О. Уилке.
2006
. Одна детерминанта определяет скорость эволюции дрожжевого белка.Мол. Биол. Evol.
23
:327
–337.Дюре Л. и Д. Мучиро.
2000
. Детерминанты скорости замен в генах млекопитающих: характер экспрессии влияет на интенсивность отбора, но не на скорость мутаций.Мол.Биол. Evol.
17
:68
–74.Enard, W., P. Khaitovich, J. Klose et al. (13 соавторов).
2002
. Внутри- и межвидовая изменчивость паттернов экспрессии генов приматов.Наука
296
:340
–343.Гу, X., Z. Zhang, и W. Huang.
2005
. Быстрая эволюция экспрессии и регуляторных расхождений после дупликации дрожжевого гена.Proc. Natl. Акад. Sci. США
102
:707
–712.Гу, З., Д. Николае, Х. Х. Лу и У. Х. Ли.
2002
. Быстрое расхождение в экспрессии между повторяющимися генами, полученное на основе данных микрочипа.Trends Genet.
18
:609
–613.Gu, Z., S.A. Rifkin, K.P. White, W.H. Li.
2004
. Дублирующиеся гены увеличивают разнообразие экспрессии генов внутри и между видами.Nat. Genet.
36
:577
–579.Гастингс, К. Э.
1996
.Сильная эволюционная консервация широко экспрессируемых изоформ белков в семействе генов тропонина I и других семейств генов позвоночных.J. Mol. Evol.
42
:631
–640.Хэ, Х. и Дж. Чжан.
2005
. Быстрая субфункционализация, сопровождающаяся длительной и значительной неофункционализацией в эволюции дублирующих генов.Genetics
169
:1157
–1164.Хилл, А.А., Э.Л. Браун, М.З. Уитли, Дж. Такер-Келлог, К.П. Хантер, Д. К. Слоним.
2001
. Оценка процедур нормализации для данных массива олигонуклеотидов на основе контрольных образцов с добавленной кРНК.Genome Biol.
2
: research0055.Хаббелл, Э., В. М. Лю и Р. Мэй.
2002
. Надежные оценщики для анализа выражений.Биоинформатика
18
:1585
–1592.Huminiecki, L., and K. H. Wolfe.
2004
. Расхождение профилей пространственной экспрессии генов после видоспецифичных дупликаций генов у человека и мыши.Genome Res.
14
:1870
–1879.Иризарри, Р. А., Б. Хоббс, Ф. Коллин, Й. Д. Бизер-Барклай, К. Дж. Антонеллис, У. Шерф и Т. П. Спид.
2003
. Исследование, нормализация и обобщение данных уровня зондов с массивом олигонуклеотидов высокой плотности.Биостатистика
4
:249
–264.Джордан, И. К., Л. Марино-Рамирес и Э. В. Кунин.
2005
. Эволюционное значение дивергенции экспрессии генов.Gene
345
:119
–126.Джордан, И. К., Л. Марино-Рамирес, Ю. И. Вольф, Э. В. Кунин.
2004
. Сохранение и коэволюция в безмасштабной сети коэкспрессии генов человека.Мол. Биол. Evol.
21
:2058
–2070.Каспршик, А., Д. Киф, Д. Смедли, Д. Лондон, В. Спунер, К. Мелсопп, М. Хаммонд, П. Рокка-Серра, Т. Кокс и Э. Бирни.
2004
. EnsMart: универсальная система для быстрого и гибкого доступа к биологическим данным.Genome Res.
14
:160
–169.Хайтович П., И. Хеллманн, В. Энард, К. Новик, М. Лейнвебер, Х. Франц, Г. Вайс, М. Лахманн и С. Паабо.
2005
. Параллельные закономерности эволюции геномов и транскриптомов человека и шимпанзе.Наука
309
:1850
–1854.Хайтович П., Г. Вайс, М. Лахманн, И. Хеллманн, В. Энард, Б. Мютцель, У. Виркнер, В. Ансорге и С. Паабо.
2004
.Нейтральная модель эволюции транскриптома.PLoS Biol.
2
:682
–689.King, M.C. и A.C. Wilson.
1975
. Эволюция на двух уровнях у человека и шимпанзе.Наука
188
:107
–116.Lercher, M. J., A. O. Urrutia, and L. D. Hurst.
2002
. Кластеризация генов домашнего хозяйства обеспечивает единую модель порядка генов в геноме человека.Nat. Genet.
31
:180
–183.Li, W.-H.
1997
. Молекулярная эволюция. Sinauer Associates, Сандерленд, Массачусетс,Liao, B.-Y., and J. Zhang.
2006
. Эволюционное сохранение профилей экспрессии ортологичных генов человека и мыши.Мол. Биол. Evol.
23
:530
–540.Макова, К. Д., и В. Х. Ли.
2003
. Расхождение в пространственном паттерне экспрессии генов между дублированными генами человека.Genome Res.
13
:1638
–1645.Мерфи, У. Дж., П. А. Певзнер и С. Дж. О’Брайен.
2004
. Филогеномика млекопитающих достигает зрелости.Trends Genet.
20
:631
–639.Nei, M., and S. Kumar.
2000
. Молекулярная эволюция и филогенетика. Издательство Оксфордского университета, Нью-Йорк.Олексяк, М. Ф., Г. А. Черчилль, Д. Л. Кроуфорд.
2002
. Различия в экспрессии генов в естественных популяциях и среди них.Nat. Genet.
32
:261
–266.Пал, К., Б. Папп и Л. Д. Херст.
2001
. Высокоэкспрессированные гены дрожжей эволюционируют медленно.Genetics
158
:927
–931.Понгер, Л., Л. Дюре и Д. Муширу.
2001
. Детерминанты CpG-островков: экспрессия в раннем эмбрионе и структура изохор.Genome Res.
11
:1854
–1860.Ранц, Дж. М., К. И. Кастильо-Дэвис, К. Д. Мейкледжон и Д. Л. Хартл.
2003
.Зависимая от пола экспрессия генов и эволюция транскриптома дрозофилы.Наука
300
:1742
–1745.Рифкин, С. А., Д. Хоул, Дж. Ким и К. П. Уайт.
2005
. Анализ накопления мутаций показывает широкую способность к быстрой эволюции экспрессии генов.Природа
438
:220
–223.Рифкин, С. А., Дж. Ким, К. П. Уайт.
2003
. Эволюция экспрессии генов в подгруппе Drosophila melanogaster.Nat. Genet.
33
:138
–144.Роча Э. П. и Данчин А.
2004
. Анализ детерминант скорости аминокислотных замен в бактериальных белках.Мол. Биол. Evol.
21
:108
–116.Шуг, Дж., У. П. Шуллер, К. Каппен, Дж. М. Салбаум, М. Букан и К. Дж. Стокерт, мл.
2005
. Характеристики промотора, связанные с тканевой специфичностью, измеряемой энтропией Шеннона.Genome Biol.
6
:R33
.Спрингер, М. С., У. Дж. Мерфи, Э. Эйзирик и С. Дж. О’Брайен.
2003
. Диверсификация плацентарных млекопитающих и граница мелового и третичного периода.Proc. Natl. Акад. Sci. США
100
:1056
–1061.Су, А. И., М. П. Кук, К. А. Чинг и др. (14 соавторов).
2002
. Масштабный анализ транскриптомов человека и мыши.Proc. Natl. Акад. Sci. США
99
:4465
–4470.Су, А. И., Уилтшир Т., Баталов С. и др. (13 соавторов).
2004
. Атлас генов транскриптомов, кодирующих белки человека и мыши.Proc. Natl. Акад. Sci. США
101
:6062
–6067.Субраманиан С. и С. Кумар.
2004
. Интенсивность экспрессии генов определяет скорость эволюции белков, кодируемых геномом позвоночных.Генетика
168
:373
–381.Виноградов А.Е.
2004
.Компактность генов домашнего хозяйства человека: отбор по экономичности или геномный дизайн?Trends Genet.
20
:248
–253.Wall, D. P., A. E. Hirsh, H. B. Fraser, J. Kumm, G. Giaever, M. B. Eisen и M. W. Feldman.
2005
. Функциональный геномный анализ скорости эволюции белков.Proc. Natl. Акад. Sci. США
102
:5483
–5488.Винтер, Э. Э., Л. Гудштадт и К. П. Понтинг.
2004
.Повышенная скорость секреции, эволюции и заболевания белков среди тканеспецифичных генов.Genome Res.
14
:54
–61.Ву, З., Р. А. Ирисарри, Р. Джентльмен, Ф. Мартинес Мурильо и Ф. Спенсер.
2004
. Корректировка фона на основе модели для массивов экспрессии олигонуклеотидов.J. Am. Стат. Доц.
99
:909
–917.Янаи И., Х. Бенджамин, М. Шмойш и др. (12 соавторов).
2005
.Профили транскрипции среднего уровня в масштабе всего генома выявляют взаимосвязь уровней экспрессии в спецификации тканей человека.Биоинформатика
21
:650
–659.Янаи И., Д. Граур и Р. Офир.
2004
. Неконгруэнтные профили экспрессии ортологичных генов человека и мыши предполагают широко распространенную нейтральную эволюцию контроля транскрипции.OMICS
8
:15
–24.Янг Дж., А. И. Су и В.-Х. Ли.
2005
.Экспрессия генов развивается быстрее в узких генах, чем в широко экспрессируемых генах млекопитающих.Мол. Биол. Evol.
22
:2113
–2118.Янг, З.
1997
. PAML: программный комплекс для филогенетического анализа по методу максимального правдоподобия.Comput. Прил. Biosci.
13
:555
–556.Чжан Дж. И Х. Хе.
2005
. Значительное влияние доступности белка на мгновенную скорость эволюции белка.Мол.Биол. Evol.
22
:1147
–1155.Zhang, L., and W. H. Li.
2004
. Гены домашнего хозяйства млекопитающих развиваются медленнее, чем тканеспецифичные гены.Мол. Биол. Evol.
21
:236
–239.© Автор 2006. Опубликовано Oxford University Press от имени Общества молекулярной биологии и эволюции. Все права защищены. Для получения разрешений обращайтесь по электронной почте: [email protected]
.